退火时间对二维DNA晶体自组装的影响.pdfVIP

2013 年 第58 卷 第 15 期：1450 ~ 1455 《中国科学》杂志社 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 退火时间对二维DNA 晶体自组装的影响 ① ① ①②* ① ① ① ① ① 杨晓红 , 高传玉 , 周明 , 刘长隆 , 庄立洲 , 叶日安 , AMOAKO George , 沈智勇 ① 江苏大学光子制造科学技术中心, 镇江 212013; ② 清华大学摩擦学国家重点实验室, 北京 100084 * 联系人, E-mail: zm_laser@126.com 2013-01-18 收稿, 2013-03-01 接受 国家重点基础研究发展计划(2011CB013004)和清华大学摩擦学国家重点实验室自主研究重点项目(SKLT10A02)资助 摘要 DNA 自组装的过程, 不仅需要合适的缓冲液, 还需要适当的退火时间. 本文利用 DNA 关键词 自组装技术, 以反向平行双交叉(double-crossover, DX)DNA 分子瓦(DNA tile)作为建筑模块, DNA 自组装 带有互补黏性末端(sticky-ends) 的分子瓦依据 Watson-Crick 碱基互补配对原则配对连接, 成功 DNA 分子瓦 制备出二维晶体结构. 比较不同退火时间下形成的 DNA 分子瓦结构, 采用非变性聚丙烯酰胺 黏性末端 退火时间 凝胶电泳(non-denaturing PAGE)表征. 结果表明, 退火时间为2.5 h 时形成的分子瓦的结构较稳 DNA 二维晶体 定. 等量混合此条件下形成的不同分子瓦, 分别从50, 37 和25 ℃退火至室温, 利用原子力显微 镜(AFM)对退火后的结构进行表征, 结果表明, 起始退火温度为 37 ℃时得到的DNA 二维晶体 较平整. DNA 作为一种天然的生物大分子, 在构建纳米 经过退火处理形成晶体结构, 且用到的退火条件均 结构 方面 具有 独特 的优势 : (1) 自下而上 采用文献[2]中的方法, 并未就退火时间对DNA 自组 (bottom-up)[1] 的自组装模式; (2) DNA 可组装成周期 装的影响作深入的探讨. [2] 结构; (3) 周期结构可被预测化及程序化设计. 人工 本研究采用 DX 分子 自组装二维晶体结构, 探 设计序列并合成单链 DNA, 按照 Watson-Crick 碱基 索了退火条件对 DNA 自组装的影响, 组装原理如图 互补配对原则, 理论上能够自组装成不同的DNA 纳 1 所示. 根据不同单链DNA 熔解温度(Tm) 的差异, 比 米结构, 目前制备DNA 纳米结构的主要方法有DNA 较不同退火梯度对分子瓦结构组装的影响和对二维 [2~8] [9~12] 晶体结构形貌的影响. 同时对优化二维晶体结构形 分子瓦自组装 , DNA 折纸术