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第六节 复合基因分析程序 GENSCAN AAS 第七节 搜寻tRNA基因 转录因子结合位点预测 ?JASPAR http://jaspar.binf.ku.dk/ 比较以上三种程序对人类磷酸丙酮酸水合酶基因序列（X56832）的预测结果，我们发现预测结果略有差异，NCBI上的有关X56832的描述是： 外显子位点：868-973，1577-1663，2540-2635，2796-2854，3016-3085，3455-3588，4820-5042，5153-5350，5688-5889，6318-6426，6576-6634，6723-6872； PolyA位点：6872， PolyA信号 6853-6858，编码蛋白氨基酸残基数为392个，序列如下： MAMQKIFAREILDSRGNPTVEVDLHTAKGRFRAAVPSGASTGIYEALELRDGDKGRYLGKGVLKAVENINNTLGPALLQKKLSVVDQEKVDKFMIELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGNPDLILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKYGKDATNVGDEGGFAPNILENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLDFKSPDDPARHITGEKLGELYKSFIKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDLTVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLCTGQ KLSVVDQEKVDKFMIELDGTENKSKFGANAILGVSLAVCKAGAAEKGVPLYRHIADLAGN PDLILPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKY GKDATNVGDEGGFAPNILENNEALELLKTAIQAAGYPDKVVIGMDVAASEFYRNGKYDLD FKSPDDPARHITGEKLGELYKSFIKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDL TVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLKVNQIGSVTESIQACKLAQSNGWGVMVSHRSGETEDTF IADLVVGLCTGQIKTGAPCRSERLAKYNQLMRIEEALGDKAIFAGRKFRNPKAK AAT NCBI GENSCAN MAMQKIFAREILDSRGNPTVEVDLHTAKGRFRAAVPSGASTGIYEALELRDGDKGRYLGK….. AMQEFMILPVGASSFKEAMRIGAEVYHHLKGVIKAKYGKDATNVGDEGGFAPNILENNEA IKNYPVVSIEDPFDQDDWATWTSFLSGVNIQIVGDDLTVTNPKRIAQAVEKKACNCLLLK LAKYNQLMRIEEALGDKAIFAGRKFRNPKAK 我们用多序列比较软件OMIGA（见第九章 生物信息学应用软件导航）将WebGene、GenScan、AAS分析得到的结果与从NCBI查得的数据进行列队比较. 从列队比较可以看到各个程序预测的结果之间略有差异，预测序列和NCBI查得的序列中间大部分比较一致，差异部分主要在头尾部分。 复合基因分析程序虽然应用简单，覆盖面广，但它也有局限性，主要在于： １、复合算法目前只适用于少数物种，对于大多数物种我们还得应用各个分离软件进行分析； ２、一般情况下，在输入序列中包含多个基因或者部分基因时，所预测的外显子尚可靠，但所预测的基因结构就不一定了； ３、由于尚不清楚的原因，预测精度可能没有原来预计的那么高，尤其对新发现的基因； ４、大多数复合算法都明显对测序错误十分敏感； ５、象交替剪接、重叠基因等基因语法结构的预测仍然有待发展。尽管如此。复合基因分析程序仍代表了未来基因预测程序的发展的方向， 由于复合基因分析程序都不是十全十美，所以建议用户在分析每一个序列时把序列提交给多个程序，并仔细对比其结果。如果用户偏爱使用某个程序，最好用大量的已知序列对其进行测试，以便了解该程序的优缺点，对输出结果有一个比较清醒的认识。 在蛋白质生物合成过程中，tRNA主要起转运氨基酸的作用。由于tRNA分子的同工性(iso acceptor)，即一种以上的tRNA对一种氨基酸特异，所以细胞内tRNA的种类(80多种)比氨基酸的种类多。tRNA基因往往成簇存在，不论在原核或真核生物中均如此。 在E.coli中，至少某些tRNAs能聚在
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