生物信息学在蛋白质工程中的应用分析.ppt

What are the sequence pattern and profile of the protein? Expasy/Pattern and profile searches/Smart What are the primary sequence characteristics of the protein? Expasy/primary structure ananlysis/ProtParam What are the secondary structure characteristics of the protein? Expasy/secondary structure prediction/PSIpred What could be the tertiary structure of the protein? Expasy/tertiary structure prediction/SWISS-MODEL Assignment MCDSALTAQA NDLRIYQVMV ESFVNGDDAI GHGTGYGTSH HKGDLQGIID SLDYIESLGM NAIWLTPIFD SIPVEGQDHW ADRLDATGYF TSNYFAVDPR FGTMEQAKEL VEKAHEKGLY VFFDGVFGHH KDNVVPSPEG RLPVGENNPV SYPESLAFYQ EVATFWIEEL KIDGWRLDQA YQVPTEAWTA IRASVDEASK SVTYVNSEGE AVNPLGYMVA EIWNNENYIK ETGYGAEGEP ALCSAFDFPV RYRVVETFAA NENGIGNKGG KWLDEGMNLH RLYPSHAQPN LMLGNHDLVR FGDLLQRGNI ASPEQAEYWE RHKAALSFQA AYSGPITLYY GEEIGDELEG YAQKVEQDCA VQGLCDDHVA RTSANIDGLT VNLNEKQRDL KQYVSQLMTL RAAHPALSRG ERTNIVANET VYIDHKQADD DALIYMVSTT ADQDTVELKA SDIASDGQLV DLLTGKVHSA INGEYQISLA PFEAKFLLIE TPSASGLTKV ATVSAASSLI GEGFMAQCDN PTIEGDGPIG KTLYVVGDFA DASWKQKPHR AYRYVGENTY QAVVDEKAGA FRMQYASKDW SPQFTADGLE LTPGKTASLK RGGYGQDTAV TLPEAGQYVW SLKFTDSGDP EQIMVSKCP What is it? What is its profile? What are the primary structure characteristics of the protein? What is the structure of the protein? The End 1，数据库的建立和信息传输的互联网系统的建立；数据质量的评估与检测系统；在线服务；可视化和专家系统。 2，发现与鉴定、结构分析、比较研究等。 3，在整体水平系统地阐明基因功能。包括基因表达谱分析研究、基因 表达调控网络研究 4，核酸和蛋白质空间结构的预测和模拟以及蛋白质功能的预测等。 序列比对是生物信息学的基础。通过比较序列的相似区域和保守位点，可以确定功能的相似性和进化关系。还可预测其理化性质、空间结构和生物学功能。结构预测包括二级结构预测和三级结构预测。 功能预测建立在序列分析和结构基础上。 分子设计可分为“小改”、“中改”和“大改” STS：连接基因图谱和物理图谱的小DNA片段（500bp）。EST：cDNA克隆的一部分序列（300-800bp）。EST序列通常是随机选出cDNA克隆并对其中一条链进行快速测序。 Alu是人基因组中特有的高度重复序列,散布于整个人的基因组中。设计能识别Alu保守区序列的聚合酶链反应引物,就能特异地扩增获得人基因组DNA。 * 表达序列标签数据库是GenBank的子库，收录了一系列物种中“只测序一次”的cDNA序列数据和相关信息。UniGene的基因簇比基因数目大。 SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。 60年代中期到80年代初，美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation，简称NBRF)Dayhoff领导的研究组将搜集到的蛋白质序列和结构信息以“蛋白质序列和结构地图集”(Atlas of Protein Sequenc