生物信息学Chapter1产生与发展解决方案.ppt

简明生物信息学 钟扬 张亮 赵琼 主编 《生物信息学》 Mount D W 科学出版社 《生物信息学概论》 罗静初 北京大学出版社 《生物信息学》 赵国平 科学出版社 《生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南》 李衍达 清华大学出版社 《生物信息学手册》 郝柏林 上海科学技术出版社 第一章 绪论 生物信息学的产生与发展 生物信息学基本方法与前沿技术 生物信息学的应用 生物信息学教育与学习 生物信息学的产生与发展 生物学发展与计算机应用 生物信息学及分支学科 生物信息学发展阶段与研究方向 我国生物信息学研究的发展方向 生物学发展与计算机应用 50年代：数量分类学、数学生态学产生 80年代：计算机应用于分子生物学 分子生物学数据库的建立 诸如分析蛋白质结构的软件开发 最近10多年生物信息数据的爆炸性增长 1990年HGP启动 2000年6月26日宣布完成人类基因组的工作草图 现已完成大肠杆菌（1998）、酵母(1998)、果蝇（2000）、秀丽线虫（2000）、小鼠(1993)和拟南芥（2000）等生物的测序 2002年4月中国完成水稻全基因组的测序 GenBank数据的增长 模式生物 生物信息学及分支学科 生物信息学的狭义定义：　生物信息学是在生物科学的研究中 ,以计算机为工具对基因组信息进行存储、检索和分析的科学 生物信息学的广义定义： 生物信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科 ,它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究 ,目的在于了解大量的生物学意义 一组完整的计算机互联，作为统一的计算资源一起工作，并有一台机器的印象。 生物信息学及分支学科 计算生物学：　将分子生物学数据分析作为主要研究内容，侧重于发展理论模型和计算方法，应用领域不如生物信息学广 分子（DNA）计算: 将DNA作为一种信息存储器，并应用PCR技术和生物芯片等来进行计算 计算分子生物学、计算神经生物学等 生物信息学发展阶段 前基因组时代 生物数据库的建立(80年代GenBank的建立) 检索工具的开发 DNA和蛋白质序列分析(序列的比对算法) 基因组时代 基因寻找和识别 网络数据库系统的建立和交互界面的开发 后基因组时代 大规模基因组分析、蛋白质组分析以及各种数据的比较和整合 生物信息学的研究方向 需要建立可互操作的生物信息系统及相关数据挖掘技术 需要能够揭示大规模数据集合中不同组分之间关系的统计分析方法及优化算法 需要开发各种类型的数据转换工具，建立预测模型 需要开发适用于微阵列和基因芯片等新技术的数据分析工具 我国生物信息学研究的发展方向 建立国家生物医学数据库与服务系统 人类基因组的信息结构分析 我国生物信息学研究的发展方向 功能基因组相关信息分析 生物信息学基本方法与前沿技术 基本方法 生物信息学基本方法与前沿技术 前沿技术 生物信息学的应用 生物信息的经济价值与生物信息学市场 基因组分析 基因芯片 药物开发 其他应用领域 生物信息的经济价值与生物信息学市场 制药业对生物信息的需求最大 生物信息的市场规模 基因组分析 功能基因组学相关技术 秀丽新小杆线虫(C. elegans) 1998年12月完成全基因组测序 第一个多细胞生物的全基因组序列 基因组大小为9.7×108 bp 基因19000多个，基因密度高，内含子少 人类44个疾病基因中有32个与线虫基因吻合 基因芯片 将几万个寡核苷酸或DNA作为探针，密集排列于硅片等固项支持物上，将研究样品标记后与微阵列杂交进行检测，根据杂交信号强弱及探针的位置，可以确定靶DNA的表达情况以及突变和多态性存在与否。 并行化、多样化、微型化、自动化 快速有效地分析基因芯片检测的高通量数据成为生物信息学的一项重要任务 基因芯片 基因芯片 药物开发 新药开发是生物信息学的主要应用领域 基因组研究为新药筛选、药靶设计和分子药理学研究，以及疑难病的药物设计和途径选择等提供了新的方法论基础 应用生物信息学的理论知识可以大大减少新药开发成本，缩短开发周期 其他应用领域 寄生虫与流行病学研究 农作物基因组分析 神经科学 寄生虫与流行病学研究 基因组测序 电子克隆 种下比较 种间比较 基因表达样式 农作物基因组分析 通过比较基因组学、表达分析和功能基因组学分析方法识别重要基因 以信号受体和转录途径组分分析为基础，进行农化设计 利用植物遗传资源，保护农作物遗传多样性 生物信息学教育