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试验报告[芽孢杆菌-2010-08-14]第1页，共2页编号农业微生物研究
编号：生物[青枯雷尔氏菌, 共2页
承担单位：福建省农科院农业生物资源研究所
试验设计：
试验项目：R. Solanacearum assembling by SOAPdenovo
试验人员：唐唯其
试验负责：
报告日期：2010-09-15
计数月份：2010年08月
研究资格系数
(0.5-1.0)
实验设计系数
（0.9-1.0）
报告得分
总分
实验设计
实验记载
实验分析
实验简报
实验文章
1-20%
21-40%
41-60%
61-80%
81-100%
1%-5%
设计，实施实验，记载，分析清晰，结论清晰文献完整，发表水平
农业微生物研究中心
电话: 0591 传真: 0591 试验目的
通过BGI开发的de novo拼接软件SOAPdenovo，分别对新测序得到的青枯雷尔氏菌RS98和RS91 illumina-Solexa短读序列进行拼接。
实验内容
2.1 原始数据
采用Solexa-illumina新一代测序技术对青枯雷尔氏菌RS98和RS91进行测序，测序设备为illumina GA IIx，每个短读（short reads）长度为54bp，构建了两个双末端（Paired-End）文库（Library），短的文库其插入序列长度（insert length）为300bp，另一个长文库的插入序列长度为2.5kb。RS98和RS91测序各得到约六百万（million）个高质量的short reads，测序的覆盖倍数（Coverage）均为50x左右。
实验原始数据说明：
测序公司返还得深度测序原始数据中，有一套Illumina测序结果的原始文件为qseq格式，共有s1和s7两套数据，s1和s7又各可分为3组，如s_1_1系列、s_1_2系列和s_1_3系列，每组各120个qseq文件，每个qseq文件均含有20万条左右short reads，高质量的测序结果约占86%（即qseq文件中最后一列的数据标记为1的short read）。三组各120个qseq文件是互相对应。如：
s_1_1_0001_qseq.txt、s_1_2_0001_qseq.txt和s_1_3_0001_qseq.txt
这三个文件是对应的，包含同等数量的short reads，各个short read按照排列顺序相对应。其中s_1_1系列的120个文件和s_1_3系列的120个文件是对应的双末端序列，每个short read的长度为54bp,而s_1_2的120个qseq文件中，short read的长度仅为7bp，是测序中不同样本的编号，用来标记对应的54bp short read属于哪个Library。
在本次实验中，s_1系列中，编号为ACTTGAA的是RS91的300bp插入文库，s_7系列中，编号为ACTTGAA的是RS91的2500bp插入文库，s_1系列中，编号为GATCAGA的是RS98的300bp插入文库，s_1系列中，编号为CTTGTAA的是RS98的2500bp插入文库，除了这些序列外，其他编号的序列是同次测序中的其他样品。
Illumina测序原始数据qseq文件格式说明：
?第1列：Machine name: unique identifier of the sequencer.
?第2列：Run number: unique number to identify the run on the sequencer.
?第3列：Lane number: positive integer (currently 1-8).
?第4列：Tile number: positive integer.
?第5列：X: x coordinate of the spot. Integer (can be negative).
?第6列：Y: y coordinate of the spot. Integer (can be negative).
?第7列：Index: positive integer. No indexing should have a value of 1.
?第8列：Read Number: 1 for single reads; 1 or 2 for paired ends.
?第9列：Sequence (BASES)
?第10列：Quality: the calibrated quality string. (QUALITIES)
?第11列：Filter: Did the read pass filtering? 0 - No, 1 - Yes.
2.2 SOAPdenovo下载和安装
新一代测序short read的de no
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