遗传学第四章.解读.ppt

常用的报告基因 ?-半乳糖苷酶 ?-葡糖苷酸酶 荧光素酶 绿色荧光蛋白 2.3 未知基因编码蛋白质活性的详细研究 知道基因的表达模式后，如果对细胞中该基因的蛋白质产物进行定位，就可以获得有关该基因功能的关键资料。 确定蛋白质定位的唯一方法就是直接寻找蛋白质本身，这可以通过免疫细胞化学做到。 B. 报告基因和免疫细胞化学可以用来定位基因的时空表达 免疫细胞化学 (Immunocytochemistry) 用红色荧光标记物标记的抗体处理细胞。 细胞检测结果表明荧光信号与线粒体内膜相结合。 因此，可以推测目标蛋白参与了电子输送和氧化磷酸化，因为这些是线粒体内膜的主要生化功能。 本章学习要点 描述计算机方法（生物信息学方法）和实验方法分析基因组序列的优缺点；描述ORF扫描的原理，并解释该方法在真核生物基因组中定位基因不一定成功的原因；阐述“同源性”概念，并解释如何运用同源性和比较基因组学在基因组序列上定位基因，以及利用同源性分析确定基因功能的优缺点；概述鉴别基因组中的基因序列和确定其功能的各种实验方法；描述获得未知基因编码蛋白质活性的更详细信息的方法。 同源基因分为两类： (2)旁系同源基因（paralogous gene）：存在于相同生物体中，常是可识别的多基因家族的成员，它们的共同祖先可能早于或晚于物种间的分裂。如人类肌红蛋白和球蛋白基因是旁系同源基因。 2.1 基因功能的计算机分析 A. 同源性反映出进化关系 直系同源基因和旁系同源基因 序列1和序列2具有同源性。 序列1和序列2具有80%的序列相似性。 40/50 base 由于进化过程中发生突变，同源基因间具有不同核苷酸序列。 由于突变起始于相同的起始序列，因此序列又具有相似性。 可以用DNA序列进行同源性搜索，但一般将假定基因的序列转换为氨基酸序列后再进行同源性搜索，就不太可能得到假结果。 同源性搜索程序是通过将查询序列和数据库序列之间进行比较而开始的。对于每个比较而言，都可以算出一个得分，根据得分可以估量查询序列和数据库序列同源的可能性。 2.1 基因功能的计算机分析 B. 同源分析可以提供整个基因或基因片段的功能信息 当在氨基酸水平进行比较时，两个序列之间缺少同源性就更明显 序列1和2在核苷酸水平具有76%的相似性； 序列1和2在氨基酸水平仅有28%的相似性。 计算氨基酸在两条序列中都存在的位点数。这个数值被转化后就可以给出两条序列间的相似程度。 运用不同氨基酸之间的化学相关性为比对中的每个位点进行评分，相同或相近的氨基酸分数就高（如亮氨酸-异亮氨酸，天冬氨酸-天冬酰胺），不相关的氨基酸分数就低（半胱氨酸-酪氨酸，苯丙氨酸-丝氨酸）。 2.1 基因功能的计算机分析 B. 同源分析可以提供整个基因或基因片段的功能信息 产生得分的两种方法： blastn： blastp： blastx： tblastn： tblastx： 2.1 基因功能的计算机分析 B. 同源分析可以提供整个基因或基因片段的功能信息 最常用的同源性搜索的软件程序是：BLAST（基本的局部比对搜索工具） nt nt database pr pr database nt pr pr database pr pr database nt database nt pr pr database nt database 如果数据库中描述的基因的功能不正确，就会传递到新序列上。 同源基因可能具有不同的生物学功能。例如一些眼晶状体的晶体蛋白和代谢酶同源。 有些蛋白虽然具有相似的功能，但序列相似性不高，只是拥有某些共同的结构域。结构域在决定基因功能方面起到了关键作用。 2.1 基因功能的计算机分析 B. 同源分析可以提供整个基因或基因片段的功能信息 利用同源性搜索来鉴定基因功能有如下局限性： Tudor结构域 人类的A-激酶锚定蛋白 三个蛋白的序列相似性不高，但都在RNA代谢中发挥一定的作用。 果蝇 果蝇 很明显，同源分析并不是确定所有新基因功能的万能药，需要通过实验的方法来验证和扩展同源性研究的结果。 常规的从表型到基因的方法属于正向遗传学的范畴，而这里是在发现了新基因的基础上去研究其功能，属于反向遗传学的范畴。 2. 确定单个基因的功能 2.2 用实验分析阐明基因功能 通过将待研究基因突变掉，观察基因突变后引起的表型改变，这是大多数用于确定未知基因功能的技术基础。 2. 确定单个基因的功能 A. 通过基因失活进行功能分析 2.2 用实验分析阐明基因功能 DNA重组：是指由于不同DNA链的断裂和连接而产生的DNA片段的交换和重新组合，形成新的DNA分子的过程。 同源重组：两个具有相似序列