生物信息学实验教学大纲2014-1.docVIP

一．实验项目名称： 实验目的：。 教学基本要求：了解和熟悉NCBIBLAST进行序列搜索，解读BLAST搜索结果，可以对蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。 实验内容提要： 实验类型：综合性 必修或选修：必修 使用的主要仪器：。 ： 实验目的：。 教学基本要求： 实验内容提要： Drosophila Sex-lethal protein ASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNG Mouse Huc RBD MDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL 这些蛋白质包含一个RNA识别模体（RNA Recognition Motif，RRM）。该模体包含两个高度保守的两个功能区RNP1和RNP2（已用红色标记）。通过ebi网站的在线工具完成练习（http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/）。 1. RNP1和RNP2是否得到比对？ 选择至少三个（差别大的）空位罚分和延伸值来进行比对， 2a. 算法是否找到RNP1和 RNP2的正确比对？ b. 当空位开启罚分高时，结果发生什么变化？ c.