[南京农业大学][生物信息课件]电子克隆的原理和应用资料.ppt

种子核苷酸序列 BLASTn 水稻EST数据库 序列拼接 RT-PCR，克隆，测序 人工 计算机 4. Os6PGDH 的克隆： 直到无法继续延伸或已经具备完整的ORF 4. Os6PGDH 的克隆： 4. Os6PGDH 的克隆： 与玉米6PGDH （AF061837）匹配的部分水稻ESTs 4. Os6PGDH 的克隆： EST contig 设计PCR引物 水稻各种组织 分别提取总RNA 合成cDNA第一链 水稻锌指蛋白氨基酸序列 搜索水稻基因组库 水稻锌指蛋白基因序列 PCR扩增 克隆 EST拼接 OsZFP基因家族的电子克隆流程图 3. OsZFP 基因家族的克隆： ? 3. OsZFP 基因家族的克隆： OsZFP家族 3. OsZFP 基因家族的克隆： 逐个对每个ZFP基因进行完整性分析 基因表达特性分析. 设计引物, PCR扩增. 有时难以确定5’端完整性： 序列比较 Kozak规则[A/GNNAUGG] 起始密码子上游的同阅读框序列中是否存在终止密码子 Northern杂交 RACE技术 4.电子克隆中最常见的问题及解决办法 有时候难以确定其表达的时期和条件： EST的表达时期(Unigene数据库、EST profile) 其他类似基因的表达时期 从多组织进行扩增（尤其是基因家族的分离） 查询GEO数据库 4.电子克隆中最常见的问题及解决办法 常用的序列数据库-- GenBank GenBank 包括了所有已公布的基因组、EST数据。 Nr 无冗余数据库（包括mRNA,DNA...） dbEST 数据库 GenBank提供的检索工具——BLAST Standard nucleotide-nucleotide BLAST [blastn] Standard protein-protein BLAST [blastp] Nucleotide query - Protein db [blastx] Protein query - Translated db [tblastn] Nucleotide query - Translated db [tblastx] 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 常用的基因组分析软件： FGENESH: 最好的分析软件，可以预测多种生物的基因组结构，包括转录起始位点，编码区以及转录终子位点。 GenScan: /genscan.html 只能进行人、拟南芥和玉米的分析 RiceGAAS:http://ricegaas.dna.affrc.go.jp RiceHMM: http://rgp.dna.affrc.go.jp/ricehmm SplicePredictor: Web Gene: http://125.r.it/~webgene/ 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 常用的基因组分析软件： 启动子TATA-box/TSS预测： /seq_tools/promoter.html 选择起始密码子上游2Kb的序列进行启动子区域的预测，同时还可以标出转录起始位点的位置，可以与softberry的结果进行验证比较。 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 TSS 电子拼接: :9090/clone.html 5.电子克隆中常用的生物信息学软件和网站介绍 毫无疑问，人类的电子克隆将得到进一步的发展，越来越多的基因将通过电子克隆的方法获得，功能基因组学的研究将兴起。 植物中目前只有拟南芥和水稻公布了基因组序列，将在电子克隆中占据主要地位。尤其是水稻基因的克隆将越来越多的利用发布的序列信息资源。 6.电子克隆的应用前景 随着遗传图谱与以序列为基础的物理图谱的整合，直接将目的基因（或QTL）与连锁标记的遗传距离转换为物理图距后的电子克隆有可能成为取代传统的图位克隆的重要措施 (拟南芥) 6.电子克隆的应用前景 对于采用抑制差减杂交、差异显示或基因表达系列分析等方法得到的EST采取电子克隆的方法获得具有完整基因的策略，则可成为取代RACE或cDNA文库筛选的最佳方案。 6.电子克隆的应用前景 将更容易的获得基因的染色体分布，结构，启动子、转录因子结合位点的信息，基因的鉴定和功能描述更加容易。 植物中除了拟南芥和水稻，很多EST数目较多的植物也可以利用EST的策略进行电子克隆。 电子克隆同样是发现新基因的重要途径。 6.电子克隆的应用前景 诚然，电子克隆的出现可以大大加速基因的分离和鉴定，但功能克隆（