计算材料学讲稿-6.docVIP

第一次课 绘制简单分子 一、画一个苯酰胺 目的： 介绍Materials Visualizer中画结构的工具。 用到的模块：Materials Visualizer 化学家每天都要处理很多种类的小分子和中间物。所以容易的创建模型对建模环境都是很重要的。苯酰胺是典型的小分子结构。以下通过建立他的结构来学习Materials Studio。下面是要建立的苯酰胺的结构： Benzamide 创建3D文档： 从菜单中选择File | New...打开New Document对话框。选择3D Atomistic Document（三维原子文档），按OK。建立了一个三维窗口，工程管理器中显示建立了名为3D Atomistic Document.xsd的文件。在工程管理器这个文件名上右击鼠标，选择Rename改名。键入my_benzamide的新名字，按回车。选择File | Save命令，或按标准工具条中的按钮。在my quickstart文件夹（每个工程都对应一个同名的文件夹）中建立了名为my_benzamide.xsd的文件。 2. 改变到Ball and Stick球棍模型显示方式。 三维窗口中右击鼠标，选择Display Style，打开Display Style对话框，在Atom选项卡上设置。Materials Studio能在任何显示方式下添加原子。 3. 画环和原子链。 在草画工具条上单击Sketch Ring 按钮，鼠标移到三维窗口。鼠标变为铅笔行状提示你处于草画模式。鼠标榜的数字表示将要画的环包括的原子数目。可以通过按3-8的数字键改变。确保这个数字为6，三维窗口中单击。画出了一个6个C原子的环。如果安装ALT键单击，产生共振键。 现在单击草画工具条Sketch Atom 按钮，这是通用添加原子工具，可加入任何元素，默认加入C原子。如下在环上加入两个C原子。在环上移动鼠标，当一个原子变为绿色时单击，键的一端就在这个原子上，移动鼠标再单击就加入了一个C原子，再移动，并双击。这样在环上加入了两个原子。另一种结束添加原子的方法是在最后一个原子位置单击，然后按ESC键。注意，新加入的原子的化学键已经自动加上。 注意：你可以按Undo 按钮取消错误操作。 加入氧原子。 按Sketch Atom按钮旁的向下按钮，显示可选元素，选择氧Oxygen，在支链上移动鼠标，当变为蓝色显示时单击，这个原子就有了一个化学键，移动鼠标并双击。加入了O原子。在3D窗口工具条上按按钮，进入了选择模式。 5. 编辑元素类型。 单击链末端的C原子，选定它。选定的对象用黄色显示。按Modify Element按钮旁的箭头，显示元素列表，选择Nitrogen氮，选定的原子就变为了氮原子。单击三维窗口中空白地方，取消选择，就可以看到这种变化了。 6．编辑键类型。 在三维窗口中在C和O原子中间单击选定C－O键。选定的键以黄色显示。按下SHIFT键，单击其它三个相间的键。现在选定了三个C－C键和一个C－O键。单击Modify Bond 按钮旁的向下按钮，显示键类型的下拉列表，选择Double Bond双键。取消选定。 7. 调整氢原子和结构 现在可以给结构自动加氢。单击Adjust Hydrogen 按钮， 自动给模型加入 数目正确的氢原子。单击Clean 按钮，调节结构的显示，它调整模型 原子的位置，以便键长、键角、和扭矩显示的合理。 8. Kekule和共振键转变。 Materials Studio的计算键工具可以容易的在KeKule（开库勒）和共振显示模式间转变。选择Build | Bonds命令，打开Bond Calculation对话框。在Bonding Scheme（键模式）选项卡中，Option部分选中Convert representation to checkbox， 空格 里默认显示Kekule，选择Resonant。按对话框底部的Calculate（计算）按钮。 C环以共振方式显示。本例子中要以Kekele方式显示，所以选择Edit | Undo命令，或者按标准工具条中按钮，取消刚才的计算。关闭Calculate Bonds对话框。 9. 查看修改键长： 你可以使用草画工具条Measure/Change工具来查看修改距离、角度和扭矩等。 Measure/Change tool 单击Measure/Change按钮旁的向下按钮，选Distance(距离)，然后鼠标在氧原子上移动，直到它以蓝色凸出显示，单击。同样方式单击和氧原子成键的那个C原子。这样建立了一个距离监视器，以埃为单位显示键长。鼠标在三维窗口中空白处向下拖动，增加C－O键长度，再按Clean按钮。监视器的数值显示出当前的长度。最后，单击Rotation Mode（旋转模式）