生物信息学第七章基因组信息学要点详解.pptVIP

基于芯片的基因功能分析 基因表达分析 1、表达型基因芯片：采用高通量(high-throughput)基因表达检测技术，全面分析基因的表达水平，了解基因的功能。 2、基因表达图谱：基于芯片的表达监控实验产生大量的数据，在这些数据背后隐藏着丰富的基因相互作用、基因功能信息，需通过数据分析揭示这些信息。 这种根据基因芯片获得的表达图谱有别于以前的物理图和功能图，能更直接地揭示基因组中各基因相互关系。 基因芯片检测结果的分析 荧光检测图像处理 1、图像的预处理(除噪等) 2、基因芯片与样本杂交后，用图像扫描仪器捕获芯片上的荧光图像，计算机的图像常由象素点所组成，每个象素点的灰度值或颜色对应一个数 检测结果可靠性分析 1、根据实验误差，计算可靠性(后) 2、(更精确)建立芯片杂交过程的计算机仿真实验模型)，以便在制作芯片之前分析所设计芯片的性能，预测可靠性 基因芯片信息的管理和利用 芯片信息管理 芯片信息管理数据库 主要收集、管理表达型基因芯片的实验数据 数据集成和交叉索引 * PCR引物设计(PCR primer design) 什么是PCR(polymerase chain reaction) ? * PCR引物设计内容 目的：是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。 引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否 一般引物长度为15~30b，理想的扩增片段长度为200~1000bp 方法： Step 1、找到DNA序列的保守区 Step 2、预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构 一些概念 退火(annealing/hybridisation)：两条互补单链由氢键形成双链，退火温度Ta 解链温度(melting temperature, Tm)：将双链解开成单链所需的温度，Tm = 4(G + C) + 2(A + T)度，若buffer中有盐(150mM)一般低于100度 Taq多聚酶(Taq polymerase)：95度时halflife为30~40分钟(一般不超过30~40循环)，~10次放大后，可降低Tm，300bp，50%GC? 88度 延长温度/时间：70~72度，0.5~3分钟，~70度，100 bases/sec 双链形成的自由能ΔG(反映稳定性) 引物保真区域：3’端和中间较高，5’端较低 PCR引物的设计原则（黄金法则） 引物应在保守区内设计并具有特异性 产物不能形成二级结构 引物长度一般在15~30碱基之间 G+C含量在40%~60%之间 碱基要随机分布(不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在) 引物自身不能有连续4个碱基的互补 引物之间不能有连续4个碱基的互补(一对) 引物5’端可以修饰 引物3’端不可修饰(延伸是从3’端开始的) 引物3’端要避开密码子的第3位(易简并) * 著名引物设计软件Oligo (MBI) 功能强大，专一，最早 工作原理：基于邻近ΔG值计算杂交温度和寡核苷酸的二级结构 其他引物设计及分析软件 离线 Primer Premier Primer Design Primer DSigner (free) Array Designer Beacon Designer NetPrimer 在线 Primer3 DNAWorks Primer Premier 6.0 （win7）演示 序列： gi|297794616|ref|XM_002865147.1| Arabidopsis lyrata subsp. lyrata 16S rRNA processing protein RimM family, mRNA AAGAGATAATGCTGAGACCTTCGCTTCTCTGTTCTTCGGCCTCAATCACTTTCACTCCAATTCAACTATTCAATCCCAATTTCTCCCCTCATTTCCAAAGCTTCGAAGTATCTCGTCCCGTCTCGGCTTTGTCTCGTACCAAAAATTGTCACTTCAGTCTCGTGAGAGCTCGTGGGAAATCCAGCTTCCTCGTTCGTAGCACCGCTACTCAAGAAGCTGTTGAAACCAGTAGTAAAAGTGAATTGGATTTAGTTGAAGTTGGATTCTTGTCTGGTGTTCATGGCTTACAAGGCGAGATTTGCATAAAACCAAACACTGATTTTCCTGATTTACGTTTCTCCAAGCCTGGTAGAAGATGGTTAAAACAACAATTGATGGGACAAGAAAAAATTGATGAGGTTGAATTAGTTGAAGGAAGACCTCATCCTGCCCAGAAGAGTTGGATTCTTAAGTTTCGAGGGTTGGATGATGTTGATCAGGTGAGACAACTCGT