第6章 蛋白质生物信息学.pptVIP

利用Tmpred分析VH-L-L的跨膜区，分析表明，该序列无跨膜区，不是跨膜蛋白。可以预测该蛋白在膜外 利用NetPhos进行磷酸化位点分析，结果显示磷酸化位点主要包括丝氨酸Ser位点: 28个，苏氨酸Thr: 5 个，酪氨酸Tyr: 3个 利用TargetP对VH-L-L蛋白的亚细胞定位进行预测，结果表明，VH-L-L是分泌到细胞周质的蛋白 III 蛋白质二级结构预测 蛋白质 序列： ↓ 二级结构： ↓ 1、二级结构预测概述 蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。 二级结构预测问题是模式分类问题 二级结构预测的目标： 判断每一段中心的残基是否处于?螺旋、?折叠、转角（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。 蛋白质结构预测主要有两大类方法： （1）理论分析方法 通过理论计算（如分子力学、分子动力学计算）进行结构预测。 （2）统计的方法 对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立序列到结构的映射模型，进而对未知结构的蛋白质根据映射模型直接从氨基酸序列预测结构。 包括：经验性方法（Chou-Fasman）、结构规律提取方法（神经网络方法）、同源模型化方法 经验参数法 由Chou 和Fasman在70年代提出. 是一种基于单个氨基酸残基统计的经验预测方法。 通过统计分析，获得