11111人类microRNA转录物的上游元件教程分析.doc

学校代码：1 0 0 6 2 学 号：2006062108 本科毕业论文（设计） UNDERGRADUATE DISSERTATION 论文题目：人类 microRNA转录物的上游元件 预测与分析 TITLE The Prediction and Analysis of the Upstream Elements of MicroRNA in Human Genome 院 系 生物医学工程学院 专 业 生物医学工程 年 级 2006级 学生姓名 李娟 指导教师 王兆月 副教授 2010年6月 目 录 中文摘要 …………………………………………………………………………………… 1 英文摘要 …………………………………………………………………………………… 2 1. 前言 ……………………………………………………………………………………… 3 2. 研究对象和方法 ………………………………………………………………………… 5 2.1 提取数据 ……………………………………………………………………………… 5 2.1.1 pre-miRNA获取、聚类和提取上游侧翼序列 ………………………………………5 2.1.2 获取随机序列 …………………………………………………………………………5 2.2 TSS预测 …………………………………………………………………………………6 2.3 TFBS预测…………………………………………………………………………………7 2.4 CpG岛预测 ………………………………………………………………………………9 2.5 数据处理与统计 …………………………………………………………………………9 3. 实验结果 …………………………………………………………………………… 10 3.1 TSS结果 ……………………………………………………………………………… 10 3.2 TFBS结果 …………………………………………………………………………… 12 3.3 CpG岛结果 …………………………………………………………………………… 14 4. 讨论 …………………………………………………………………………………… 14 5. 结论 …………………………………………………………………………………… 17 致谢 ……………………………………………………………………………………… 18 参考文献 ………………………………………………………………………………… 19 附件 ……………………………………………………………………………………… 21 摘 要 目的：microRNA是具有转录后调控作用的内源小分子RNA，约20~24nt（少数是20nt），其初级转录本的注释对于我们了解miRNA的生物功能及其调节靶位非常重要。本论文预测microRNA的转录起始位点（TSS）、转录因子结合位点（TFBS）、CpG岛，对以上三方面进行统计分析，得到microRNA上游结构。方法：从MirBase数据库中获取基因间隔区的miRNA共290个，按照其在基因组中相互之间的距离进行聚类，共分为0kb、1kb、3kb、5kb、10kb五类；使用biosmart和galaxy分别获取基因间的miRNA上游序列和随机的基因间序列；使用the Eponine TSS prediction track of Ensembl、UCSC的TFBS conserved、EMBOSS CpGplot分别对TSS、TFBS、CpG岛进行预测；使用SAS 9.2对预测结果进行频数统计和核密度估计。结果：本论文预测得到了pre-miRNA上游转录元件，其中有84个miRNA预测出来TSS，共计2450个TSS；在193个miRNA预测出1384个TFBS，其中有24个miRNA只有一个TFBS，TFBS有成簇分布的现象；在76个miRNA上游预测出137个CpG岛。随机序列的TSS、TFBS、CpG岛预测数目则相对很少。统计分析结果显示，相比于随机序列，pre-miRNA上游序列各转录元件分布具有明显的规律性。结论：分析统计结果发现在pre-miRNA上游10kb中，TFBS，TSS，CpG岛三类转录元件主要集中于上游4kb内，各转录元件之间以及和miRNA之间有重叠现象；此外，某些miRNA上游9-10kb也出现了TSS的聚集，这表明存在更复杂的