SSR ? 重复单元: 1~ 6bp,如 CA, CTCG ? 重复次数:5~ 30 次 ? 覆盖长度:10~300 bp 4、序列特征扩增区域 (SCAR) 建立在DNA测序基础上的分子标记。 先作RAPD、DNF\SSR分析,然后把标记片段克隆和测序,根据原片段两端的序列设计一对特定引物(通常16-24个碱基),再进行PCR特异扩增,这样就可把与原RAPD片段相对应的单一序列(位点)扩增出来。这样的DNA片段与原先的性状存在对应关系,就称为该性状的SCAR标记。 Random primer Random primer specific primer 1 specific primer 2 RAPD marker SCAR marker Sequencing 随机产物:多种 SCAR产物:一种 SCAR比RAPD和其它利用随机引物的方法在基因定位和作图中的应用更好,因为它有更高的可重复性(原因是使用的引物长)。 (三)建立在酶切和PCR基础上的分子标记 6、扩增片段长度多态性(AFLP): 建立在RFLP和PCR基础上的标记方法。 其基本步骤是:把DNA进行限制性内切酶酶切,然后选择特定的片段进行PCR扩增,在测序胶上分开这些扩增产物并检测其多态性。 AFLP的实验过程 AFLP A B 荧光标记全自动A
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