基础生化第一章蛋白质分析.ppt

(2)β折叠 主链：几乎完全伸展，呈锯齿状折叠构象。 氢键：相邻肽段形成氢键，与链的长轴接近垂直。 侧链：垂直于相邻两肽平面的交线，并交替分布在片层两侧 类型：平行式(重复周期0.65nm)，通常疏水侧链分布在平面两侧 反平行式(重复周期0.7nm)，通常疏水侧链分布在平面一侧 ?转角由4个aa残基组成，弯曲处的第i个氨基酸残基的 -C=O 和第i+3个残基的–N-H 之间形成氢键，形成一个不很稳定的环状结构。 这类结构主要存在于球状蛋白分子表面使肽链发生回折。 β-转角模型 还有α转角 （ i+4 ）、γ- 转角（ i+2 ） 、π-转角（螺旋终止信号） P61 （4）无规卷曲(random coil) 无一定的规则,但对一定的球蛋白而言,特定的区域有特定的卷曲方式.这类有序的非重复结构常构成蛋白质的功能部位 （5）β凸起 （6）Ω环形（ omiga） 是近二十年提出的，早年认为是无规卷曲的部分有一定规律可循，外形和希腊字母Ω相似。 1. 超二级结构（super-secondary structure）） （三）三级结构部件（过渡性结构层次） 超二级结构指蛋白质中两个或多个具有二级结构的肽段在空间上相互接近，相互作用形成的二级结构聚合体，又称为模体（motif）。 1973年Rossman和Rao提出 分子较大的Pr P63 超二级结构花样 P64 左手超螺旋 细胞色素C的αα结构 细胞核抗原的βαβ结构 纤溶酶原的ββ结构 2.结构域（domain） 概念：多肽链盘旋折叠成相对独立的紧密球状实体称为结构域。是球状蛋白的独立折叠单位。 对于较大的蛋白质分子或者亚基，往往由两个或者两个以上相对独立的结构域缔合形成三级结构. P64 肌钙蛋白C的两个结构域 细胞色素b 乳酸脱氢酶 免疫球蛋白G 全α结构 βαβ结构 全β结构 结构域 P65 （四）球状蛋白的三级结构（tertiary structure） P65 肌红蛋白 1.概念：多肽链在二级结构基础上在空间盘绕、折叠、卷曲而形成的复杂的空间构象称为蛋白质的三级结构。 （四）球状蛋白的三级结构（tertiary structure） 第一个被阐明其三级结构的Pr是：抹香鲸肌红蛋白三级结构，于1960年由Kendrew用X线衍射法阐明， P65 胰岛素分子的三级结构 2. 球状蛋白质三维结构特征 含有几种类型的二级结构元件 三维结构具有明显而丰富的折叠层次 是致密的球状或椭球状实体，小部分空腔 80-90%疏水基团分布在内部，亲水残基暴露在分子表面。 分子表面有空穴或裂沟，往往是活性部位。 P66 1.概念 由两条或两条以上具备独立三级结构的多肽链以次级键相互缔合，这样的聚集体为蛋白质的四级结构。 其内容包括亚基的种类、数目、空间排布及亚基间的作用。 （五）四级结构（quarternary structure） P67 2.亚基和单体 亚基是具有四级结构的Pr的基本单元，通常由一条多肽链组成，有时含两条以上的多肽链，单独存在时一般没有生物活性。 仅由一个亚基组成，而无四级结构的蛋白质称为单体蛋白； 由两个或两个以上亚基组成的蛋白质统称为寡聚蛋白质，多聚蛋白质或多亚基蛋白质。 4.同多聚体和杂多聚体（亚基种类） 3.寡聚蛋白和单体蛋白（亚基数目） 胰岛素二聚体 血红蛋白（?2?2） 5. 寡聚蛋白的变构效应 一个蛋白质与它的配体或其它蛋白质结合后，蛋白质的构象发生变化，导致其分子功能发生改变的现象称为变构效应。 一个亚基与其配体结合后,能影响此寡聚体中其它亚基与其它配体的结合能力。 小分子物质称为变构剂。 返回节 多肽链 疏水作用力 氢键 二硫键 离子键 CH2OH CH2OH 范德华力 维持蛋白质结构的作用力 P56 三、蛋白质结构的维持力量 ????????????????? 离子键（盐键）?????????????????? 氢键????????????????????????????? 疏水作用力?? 范德华力?????????? ??? 共价键??? 非共价键????? P56 氢键的形成 连接在电负性很强的原子上的H（氢核几乎裸露），与另一电负性很强的原子之间产生静电吸引。 氢供体：肽键中N上氢以及R基团上的氢 氢受体：羰基O、 侧链羟基O、 Met的S 在二级结构的形成中特别重要，如α螺旋、 β折叠、 β转角、 β凸起，在三级和四级结构中也起一定作用。 P9 生物膜的存在可能产生有“形态”的细胞，是生命存在的前提。 疏水作用力 指在介质水中疏水基团倾向