並列計算技術によるタンパク質の構造解析.ppt

並列計算技術によるタンパク質の構造解析 IBM RS/6000SPを用いた研究 研究背景 研究背景 タンパク質の立体構造解析 タンパク質の立体構造解析 最適化問題 最適化手法 シミュレーテッドアニーリング (SA) シミュレーテッドアニーリング (SA) 遺伝的アルゴリズム (GA) 遺伝的アルゴリズム (GA) 並列処理 並列処理 並列処理 IBM RS/6000SP IBM RS/6000SP 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリング 遺伝的交叉を用いた並列SAによるタンパク質の立体構造解析 遺伝的交叉を用いた並列SAによるタンパク質の立体構造解析 実験結果：解探索能力 実験結果：計算時間 結論 fin 本研究の実施にあたり，岡崎国立共同研究機構の岡本祐幸先生に多大なご指導をいただいたことに深く感謝申し上げます． IBM RS/6000SPの利用にあたり，ご指導くださいましたけいはんな通信放送機構(TAO)やIBMの皆様に心より感謝申し上げます． しかし，ヒューリスティック法では計算量が多く必要となるため，並列処理が欠かせない．並列処理とは，プロセッサを複数個用いた??? 並列処理によって，計算の高速化や計算機システムの???を図ることができる． 本実験では，並列処理用のマシンである，ＩＢＭのＲＳ／６０００ＳＰという分散メモリ型超並列プロセッサを用いた．分散メモリ型並列プロセッサでは，先程述べた通信を必要とする．本マシンは３つの異なるタイプからなる１３ノードの並列計算機である． * * 同志社大学大学院　小掠真貴 同志社大学工学部　廣安知之 三木光範 同志社大学（学）　角美智子 大規模な科学技術計算 タンパク質立体構造解析 画像処理 地球外知的生命体探査 地球シミュレータ 気象解析 流体解析 タンパク質 ヒトゲノム研究により 遺伝子情報が次第に明らかになる 生物の生命活動に必要 アルツハイマー病，糖尿病 生物学的機能と密接な関係 遺伝子を設計図として作られる 遺伝子解析からタンパク質の立体構造解析へ タンパク質の構造 新薬の開発 病理の発現機構の解明 アミノ酸配列（一次構造） 立体構造 タンパク質立体構造解析の必要性 数値計算によるタンパク質の立体構造解析 エネルギーが最も 低くなる状態を求める 最適化手法による 計算が必要となる 最適化問題としての 立体構造解析 ある条件のもとで，目的とするものを最小化（最大化） するような変数を決定する問題 最も早く行きたい 115min \380 95min \540 30min \150 40min \120 20min \120 30min 42min \90 50min 35min \220 45min \160 \60 \100 A B 30min \150 40min \120 20min \120 30min 42min \90 50min 35min \220 45min \160 \60 \100 A B 最も安く行きたい 最適化手法の分類 数理的手法 発見的手法（ヒューリスティック法） 現実問題を解くことは困難 物理現象のアナロジー 生物進化のアナロジー 膨大な計算量 最急降下法，ニュートン法など 金属の焼きなまし（アニーリング）という物理現象を コンピュータでシミュレートする方法 ゆっくり冷やす 高温状態 低温状態 エネルギーが大きく 不安定 エネルギーが小さく 安定 local minimum global minimum high temperature low temperature f (x1, x2) P = －(Enext－Ecurrent) T exp Metropolis基準　 くり返し 生成 評価 受理判定 クーリング 初期化 終了 温度 SAのアルゴリズム 生物の進化の過程を模倣した最適化手法 0 1 0 0 1 Candidate solution Individual : encode decode chromosome 1 f (x1, x2) x1 x2 (3, 5 ) 評価 選択 交叉 突然変異 初期化 終了 遺伝的操作 GAのアルゴリズム くり返し (Genetic Operator) 並列処理の必要性 計算の高速化 計算機システムの信頼性，分散性などの向上 プロセッサを複数個用いて， 複数の処理を同時並行的に行うこと 逐次処理 並列処理 task1 task2 task3 計算時間の短縮 task1 task2 task3 Time Time 逐次処理 並列処理 task1 task2 task3 task4 task5 task6 communication プロセッサ間通信 task3 tas