导论生物信息学分析.pptVIP

双向凝胶电泳 20世纪80年代开始采用固相化pH梯度技术（immobilized pH gradients，IPG），可以随意精确设定pH梯度。 由于可以建立很窄的pH范围，对特别感兴趣的区域可在较窄的pH范围内做第二轮分析，从而大大提高了分辨率，因此基本上解决了双向凝胶电泳重复性的问题，这是双向凝胶电泳技术上的一个非常重要的突破。 其他技术 高效液相色谱（HPLC）基于样品分子在固定相(柱填料)和流动相(淋洗液)之间的特殊相互作用而实现样品的分离。 常用于相对分子质量小于l×l03的蛋白质、膜蛋白及低丰度蛋白质的分离。 毛细管电泳技术（CE）是在高电场强度作用下，对毛细管(内径5-10 μm)中的样品按分子质量、电荷、电泳迁移率等差异进行有效分离。 3.3 蛋白质鉴定技术质谱技术(mass spectrometry，MS) 蛋白质组学中最有意义的突破是用生物质谱鉴定电泳分离后的蛋白质。该技术是一种超灵敏的鉴定技术，从理论上说，仅需极少量的样品就可以获得错误率低于1/1000000的精确结果。可将现行的质谱仪简单地分为三个连续的组成部分，即离子源、离子分离区和检测器。 质谱分析法是通过对样品离子的质荷比和强度的测定来进行定性和定量分析的一种分析方法。质谱分析法的过程是：首先将样品气化为气态分子或原子，然后将其电离失去电子，成为带正电离子，再将离子按质荷比大小顺序排列起来，测量其强度，得到质谱图。 横坐标为质荷比，纵坐标为每种带电离子的相对丰度。通过质荷比可以确定离子的质量，从而进行样品的定性分析和结构分析。通过每种离子的峰高可以进行定量分析。 目前最常用的是： 基质辅助的激光解析电离-飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight spectrometry，MALDI-TOF） 电喷雾质谱（electrospray ionization，ESI-MS） 3.4 生物信息学分析 生物信息学是蛋白质组学研究中不可缺少的组成部分，它为2D图像的分析比较及蛋白质鉴定等提供了方便快捷的帮助和大量信息。 蛋白质组生物信息学主要包括： 蛋白质组数据库 相关的工具软件 3.4.1 蛋白质组数据库 蛋白质组数据库是蛋白质组研究水平的标志和基础。包含所有鉴定的蛋白质信息，如蛋白质的顺序、核苷酸顺序、2D、3D结构、翻译后的修饰、基因组及代谢数据库等。 瑞士的SWISS- PROT 拥有目前世界上最大、种类最多的蛋白质组数据库。 标准的且可重复的双向聚丙烯酰胺凝胶电泳蛋白质分析方法使得大规模的蛋白质组研究成为可能，再加上其它技术的辅助(如蛋白质免疫检测、微序列分析、质谱等)，可以获得大量的蛋白质表达的信息。这些信息可以贮存在蛋白质数据库中，并与其它数据库相联接。 1.GELBANK ??网址：??简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。 2.SWISS-2DPAGE??网址：/ch2d/??简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D参考图。3.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)??网址：/??简介：通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库。当蛋白质某一氨基酸残基发生改变时，其质谱图也会发生改变，通过蛋白质质谱图的改变，检测与疾病相关的突变。 4.Sys-BodyFluid??网址：/bodyfluid/??简介：人体体液蛋白组研究数据库。提供人体各种体液 的蛋白质组数据，包括血浆/血清、尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。 5.BloodExpress??网址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/??简介：小鼠造血过程基因表达数据库 6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)??网址：http://centrosome.dacya.ucm.es??简介：人体中心体蛋白数据库7.ConsensusPathDB??网址：http://cpdb.molgen.mpg.de??简介：人类功能作用网络数据库，与多个数据库有交叉 应用，提供蛋白质互作、生化反应、基因调控等作用网数据。8.Proteome Analysis Database????网址：teome/??简介：蛋白质组分析数据