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第13章 RNA加工 基本概念和定义 RNA加工(RNA processing)描述了新合成的RNA分子在结构和化学组成方面的成熟过程。这些修饰过程发生在转录过程中(共转录修饰,cotranscriptional modification)和转录后(转录后修饰,posttranscriptional)；RNA加工对RNA的功能极其重要，同时RNA加工代表了基因调控的一类机制。RNA加工反应分成10类，见表13.1。 从DNA模板复制的RNA分子称为转录本(transcript)。在转录过程中产生的RNA是新生转录本(nascent transcript)，当转录完成后的RNA为初级转录本(primary transcript)——它是被转录DNA的一个精确拷贝。经过一些修饰后的RNA为成熟转录本(mature transcript)，不再与DNA完全一样。 并不是所有的RNA都要经过修饰：细菌mRNA很少加工(实际上往往在转录完成之前蛋白合成就开始了)，真核生物的5SrRNA转录完成后就有成熟的末端。完全加工和有功能RNA分子的前体称为前体RNA(pro-RNA)。真核生物的前体mRNA又称为核内不均一RNA (heterogeneous nuclear RNA，hnRNA)。它不同于其他形式的核内RNA，其分子大小变化很大，反映了基因大小的差异和部分加工的分子的存在。 在真核生物核内，转录和RNA加工不是在核中自由发生的，而是在核基质中固定的位置进行。特定的mRNA加工因子(特别是剪接体和多腺苷酸化酶)与延伸复合物中RNA聚合酶Ⅱ的C末端作用，所以转录和加工是相关联的。mRNA加工复合物在核基质中的定位可能有利于产物的输出。在核内和细胞质中RNA和蛋白质相结合，形成核糖核蛋白颗粒。 表13.1 RNA加工反应的分类 加工反应 举例 剪切 使rRNA和tRNA从多顺反子转录本中释放 真核生物mRNA转录的终止 内切降解 加工rRNA和tRNA产生成熟末端 核苷酸转移 转移CCA到某些tRNA的3’末端 碱基化学修饰 mRNA和rRNA中偶发的甲基化 tRNA和snRNA中的普遍碱基修饰 核苷酸切除和替换 tRNA鸟嘌呤的过度修饰产生二氢尿嘧啶(Q)和假尿嘧啶(W) 加帽 在真核生物mRNA 5’末端加上7—甲基鸟嘌呤 多腺苷酸化 在大多数真核生物和少数细菌mRNA 3’末端加上多腺苷酸尾巴 剪接 去除大多数内含子(经常是顺式，偶尔反式) 剪接(连接) 去除tRNA内含子 编辑 通过碱基修饰改变mRNA所携带信息，在编码区中插人或缺失碱基 13.1非翻译RNA的加工 13.1.1 tRNA剪切和成熟 有些tRNA基因是被单独转录的，另一些则作为多顺反子的一部分转录，如在大肠杆菌中，一些tRNA与rRNA基因在共同的操纵子中一起转录。根据其来源不同，前体tRNA可能要经过七种不同的加工反应。多顺反子tRNA或tRNA和rRNA混合转录本中，单个的tRNA通过在成熟的5’端(经常是鸟嘌呤)切除而释放。在大肠杆菌中，这个功能由核糖核酸酶P完成。未成熟的3’末端由外切酶(可能涉及核糖核酸酶D)降解，直到出现三核苷酸基序CCA。如果没有CCA的模体，那么就通过tRNA核苷酸转移酶(tRNA nucleotidyltransferase)在分子的3’末端加上三核苷酸。所有成熟的tRNA末端都有CGA。在真核生物和古细菌中，有些tRNA基因含有需要切除的内含子，这就涉及剪切、末端修饰和RNA连接(见tRNA核内含子)。前体tRNA还需要碱基修饰加工过程：tRNA中的碱基大多数是主要碱基，但大约10％在tRNA合成中被修饰，通常在原位通过转录后化学修饰完成。鸟嘌呤高度修饰的衍生物产生二尿嘧啶和假尿嘧啶，通过类似与DNA中切除修复的核酸切除和置换反应而插入。核内小分子核RNA中的尿嘧啶也被广泛修饰，所以也称为U—RNA。 13.1.2 rRNA的剪切和成熟 细菌和真核生物都合成多顺反子rRNA转录本。在细菌中有七个rRNA操纵子(rrn)，包含编码所有三种rRNA的基因以及某些tRNA基因。16S和23S前体rRNA通过碱基配对形成茎环结构。这可能是核酸酶Ⅲ的底物，核酸酶Ⅲ对茎部剪切后释放单个前体。成熟的末端是通过外切酶的加工完成的。 在哺乳动物中，