3D-QSAR的原理及研究方法简介.pptVIP

3D-QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship，QSAR) 三维定量构效关系 简介 制作人： 朱时俊 学 号： 2011310200103 报告人： 吴晓烨 学 号： 2011310200106 定量构效关系（QSAR） 三维定量构效关系（3D-QSAR） 3D-QSAR的基本原理 3D-QSAR研究方法 定量构效关系（QSAR） 定量构效关系是一种借助分子的理化性质参数或结构参数，以数学和统计学手段定量研究有机小分子与生物大分子相互作用、有机小分子在生物体内吸收、分布、代谢、排泄等生理相关性质的方法。 QSAR可用来预测化学品在环境中的暴露水平，同时又可对其生物活性作出评价。 三维定量构效关系（3D-QSAR） 三维定量构效关系是引入了分子三维结构信息进行定量构效关系研究的方法。这种方法间接地反映了分子与生物大分子相互作用过程中两者之间的非键相互作用特征，相对于二维定量构效关系有更加明确的物理意义和更丰富的信息量。 3D-QSAR的理论基础 (1)分子的形状在一定程度上影响其生物活性， 分子的活性构象是研究3D—QSAR的关键； (2)药物分子与受体之间的相互作用是借助可逆的、 非共价结合的弱作用力实现的，如静电引力、 疏水作用、氢键、范德华引力等。 3D-QSAR的基本原理 利用数学模式对药物的化学结构信息(如各种取代基参数，拓扑指数以及量子化学与分子力学计算参数)与其生物活性之间的关系进行定量分析，找出结构与活性间的量变规律，然后根据这种规律及未知化合物的结构预测未知化合物的性能。 由于3D—QSAR直接反映药物分子与受体三维空间上的互补性，更准确表达了药物与受体之间的相互作用，因此，近十多年来3D-QSAR方法得到了迅速的发展。 3D-QSAR研究方法 比较分子场（CoMFA）法、 假设活性网格法（HASL）、 比较分子矩分析法（CoMMA）、 比较分子相似性指数分析法(CoMSIA）、 距离几何学三位定量构效关系(DG 3D-QSAR)、 分子形状分析(MSA)、 虚拟受体(FR)等方法等。 比较分子力场分析方法(CoMFA)，是目前最为成熟且应用最为广泛的方法。 1988年Cramer等提出的比较分子场分析方法（Comparative Molecular Field Analysis，CoMFA） 将具有相同结构母环的分子在空间中叠合，使其空间取向尽量一致，然后用一个探针粒子在分子周围的空间中游走，计算探针粒子与分子之间的相互作用，并记录下空间不同坐标中相互作用的能量值，从而获得分子场数据。不同的探针粒子可以探测分子周围不同性质的分子场，甲烷分子作为探针可以探测立体场，水分子作为探针可以探测疏水场，氢离子作为探针可以探测静电场等等，一些成熟的比较分子场程序可以提供数十种探针粒子供用户选择。 它的基本原理是：如果一组相似化合物以同样的方式与受体部位发生相互作用，那么它们的生物活性的强弱就取决于每个化合物周围分子场的差别，这种分子场可以反映药物分子和受体之间非键相互作用特性。近年来，研究人员对传统的CoMFIA进行了大量的改进，其中涉及到活性构象的确定，分子叠加规则、分子场势函数的定义以及分子场变量的选取等等，在很大程度上提高了CoMFA计算的成功率。