基因组学遗传图绘制解说.pptVIP

?Human artificial chromosome (HAC) A vector used to transfer or express large fragments of human DNA. HACs behave and are constructed like human chromosomes. In a RFLP, alleles may differ in the presence or absence of a cleavage site in the DNA Southern blot PCR（Polymerase chain reaction） The first 4 cycles of PCR in detail 有二种类型的SSLP常用于作图： 小卫星序列（minisatellite），有时又称可变串连重复（variable number of tandem repeats, VNTR-），其重复单位的长度为数十个核苷酸 微卫星序列（microsatellite）或简单串联重复（simple tandem repeats, STR or SSR），其重复单位为1-6个核苷酸，由10-50个重复单位串联组成 小卫星DNA的核心序列一般为几个到几十个核苷酸，不同个体的不同基因座位重复次数不同，每个重复单位的组成可略有变异 位置：一般在染色体端粒部位，广泛存在于人体基因组中 微卫星DNA(Micro-satellite DNA)标记 属高度重复序列，重复单元2~6bp，如(CA)n、(AT)、(GGC)n等重复，重复区大多几十~几百bp，分散在基因组中 呈现孟德尔式遗传 目前微卫星DNA已经发现了２万余个位点 TTCAGCTAGCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCTTGC AAGTCGATCGAGTCGTCGTCGTCGTCGTCTCGAACG 微卫星DNA PCR扩增结果（示例）： 500bp 400bp 300bp 240bp 该结果显示在所检查的人群中，该位点多态性有4种 单核苷酸多态性(SNP)是第三代标记，被用于遗传图谱构建及功能分析 由于SNP在不同个体间和不同组织、细胞间高度多态性，使其成为研究基因多样性和识别、定位疾病相关基因的一种新型手段 检测SNP的特异杂交 DNA芯片（DNA chip）技术 DNA芯片 动态等位专一性杂交（Dynamic allele-specific hybridization, DASH） 反应在溶液中进行，样品置于96孔板的每个凹槽中，由于荧光标记试剂只与双链DNA结合，所以只有可杂交的分子发出荧光 实验初始时保持可使单个碱基错配的反应条件，此时寡聚核苷酸可与任何等位SNP分子杂交 随后逐步提高反应温度，由于完全互补配对的杂交分子较之含有错配硷基的杂交分子可耐受较高的温度 当反应温度升高到临界点时，含有错配的杂交分子将会解链，荧光信号同时消失，说明该样品中含有SNP 对于人类来说，SNP的意义在于： 致病SNP 疾病易感性SNP 具有诊断价值的SNP 疾病的SNP谱 人表型相关SNP 药物作用与不良反应的SNP 药物剂量SNP 日本研究人员最近经过研究发现，与糖尿病有关的基因并不是千篇一律，它们之间存在着个人差别，即“单核苷酸多态性”（SNP） 其它的DNA标记（分子标记） AFLP（Amplified Fragment Length Polymorphism 即扩增片段的长度多态性） STS（序位标签）是由一段长度为200～500bp的序列所界定的位点，在基因组中只出现一次 相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism, SRAP) 由美国加州大学蔬菜作物系Li与Quiros博士于2001年提出，又叫基于序列扩增多态性（sequence-based amplified polymorphism，SBAP） 靶位区域扩增多态性 (target region amplified polymorphism，TRAP) 由美国农部北方作物科学实验室Hu与Vick于2003年提出。与SRAP、RAPD和AFLP等标记技术无须任何序列信息即可直接PCR扩增不同，TRAP技术是基于已知的cDNA 或EST序列信息 DNA分子标记系统相互关系 重复区域 微卫星序列 小卫星序列 卫星序列 SSR DAF RAPD AP--PCR ASAP RAHPO RAMP RAHM AFLP RFLP SAMPL ISSR SCAR 检测多位点 CAPS STS 检测单位点 任意区域 常规检测 高通量检测 GBA MALD-TOFMS Taqman DNACHIP Mo