第5章-3D构型图-Weblab Viewer2015.ppt

第五章、三维构型图的创建-WebLab Viewer 使用 (4) 晶体结构的创建 同一个坐标文件中可以包含多个构型(它们之间不能有空行分隔)，此时可对构型的变化过程进行动画演示： 构型1 构型2 构型3 构型变化过程动态演示说明： 需将view菜单下的option选项中的动画功能激活 从view菜单中的Toolbars选项激活动画工具条，便于构型动态演示过程的控制 回到第一个构型 后退至上一个构型 开始动画 终止动画 暂停 前进至下一个构型 到最后一个构型 动画工具条说明： 加快速度 放慢速度 b. 从ISIS/draw或Chemdraw编辑窗口中直接复制粘贴到Weblab viewer中，程序将自动将2D构型变为3D构型 ISIS/draw Weblab viewer Chemdraw Weblab viewer 注：默认情况下，氢原子未显示 c. 直接读取ISIS/draw或Chemdraw所保存的skc文档 构型导出方式： a. 保存为图像文件(支持jpg, bmp, gif格式)，缺点是图像不可再编辑，因此，通常需要附加保存msv文件，以便将来修改之需； b. 保存为坐标文件，该文件可用于其它用途(例如可利用理论化学方法进行构型优化以及电子结构计算等)； (3) 分子构型的创建 链状分子(如丁烷分子) 首先利用分子骨架绘制工具建立链结构： 先确定第一个原子(默认情况为C原子)，在移动鼠标绘制第二、三、四个C原子 其次选择整个分子，然后加氢原子： 最后进行构型调整(clean the molecule)，使构型合理化： 注：有机分子可能存在多种异构体，因此，不同的初始构型，经检查后得到的最终构型可能不同 二面角为180度 二面角~90度 二面角~60度 二面角~0度 二面角~60度 课堂习题： 构造BF3构型图 环状分子(如苯酚分子) 按住左键，扩大环的范围，自动增加环的数目 首先创建六元环结构(为C—C单键)： 其次选择整个分子将环结构改为芳香结构： 增加H原子，并将其中一个H改为O原子： 最后再进行构型调整 复杂分子(如丹参醌分子) 首先用环绘制工具构造框架： 调整各环中C—C键的类型： 共轭?键 双键 显示H原子，并修改相关H原子得到侧链取代基： 修改环上原子类型，并进行构型调整 构造立方烷模型 特殊分子(如碳纳米管) 手性型 锯齿型 椅型 (6,0)碳纳米管(锯齿型) 绘制6个六元环： 建立两根新的C—C键： 有关晶体结构的参数设置 元素性质设置(修改颜色及范得华半径) 自动加氢原子： 修改菜单：用于调整原子/化学键等性质 修改原子类型 /键的类型(单、双、叁键等)/电荷/杂化方式等 往一根键中插入原子 消除一根键 构型检查 (对有机分子较为可靠) 窗口菜单：用于创建新窗口以及设定窗口排列方式 创建分级显示窗口 分级显示窗口 体系较大时，便于某个原子或化学键的选择 快捷方式说明 调整为最佳尺寸 调整构型的显示方式 构型参数测量按钮 显示H原子 取消H原子 单/双/叁键 显示周期表 构型检查 基本工具条说明(内容可自己定义) 目标(原子/键/分子)选择，可用于分子局部的移动 2D/3D旋转 整体或局部平移 放大/缩小(选择后按住鼠标左键进行控制，也可用鼠标中间滚轮控制) 绘制分子骨架 绘制环状(ring)分子骨架(环的数目从3开始) 绘制链状(chain)分子骨架 文本输入工具 对某根键进行扭转 (2) 基本操作方法 选择操作 放大、缩小操作 旋转操作 平移操作 构型重新定位操作 对象属性(原子/键/标识)编辑操作 构型的导入与导出 选择操作：利用工具条上的选择按钮 通过点击左键操作可选择单个原子/化学键，也可按住左键，选择分子的部分或整体。此外，可结合Shift键，选择多个原子或化学键。选择后的对象用黄色标记。 注：选择好对象之后，可用delete键删除原子或化学键. 选择单个原子/化学键 选择分子的局部 用Shift键选择多根化学键 选择整个分子 选择后的对象用黄色标记 选择某个或多个原子后，将鼠标移到所选原子按住左键不放，可对分子的部分构型进行调整(键长以及相对位置等) 放大、缩小操作 或用鼠标中间滚轮进行操作 旋转操作 3D 2D 结合shift键，可实现在某一平面内的旋转(2D) 选择分子局部后，结合ctrl键，可对分子局部进行旋转，从而实现分子构型的调整 ctrl键 可对某根化学键进行旋转操作： 平移操作 选择分子局部后，利用平移功能和ctrl键，可对分子局部进行平移，从而实现分子构型的调整 构型重新定位操作 可复原至默认位置/视角，或定位至屏幕中心位置 对象属性编辑操作 选择对象后，点击鼠标右键来修改对象属性 原 子 属 性 改变