引物设计专题材料.ppt

ＰＲＩＭＥＲ５.０的常规应用 简并性引物的设计 1.基于保守性的简并位置选择（3‘端尽量不设置简并） 2.用Primer 5.0检测大致的评分（主要看Tm值和发夹结构和引物二聚体情况） 复制 同源克隆---基于不同物种（范围较广）相应序列保守区的引物设计---通过已知序列信息钓取未知的同源基因 “Ctrl+V”输入引物序列 上游引物 下游引物 简并引物的确定（上游） 5-CA(A/G)AAGAT(C/G/T)GA(G/A)AT(C/A)TT(C/T)AAATC-3 如确定该位置为下游引物 3-GT(T/C)TTCTA(G/C/A)CT(C/T)TA(G/T)AA(G/A)TTTAG-5 表达引物的设计 ATGTGACCATGCATGCAGTTCGGACGAAGCCGTACGTAC-------------------------------------------------------------------------------------GCAGTGCAGTCATGCAAAGCGTACGTACGTAGAAGTAGAATCC 起始 信号肽编码区 N端编码区 终止 ATGTGACCATGCATGCAGTTCGGACGAAGCCGTACGTAC---------------------------------------------------------------------