单晶的结构分析若干问题要点.pptVIP

Structural Diagrams Stick, ball-and-stick, ORTEP (ellipsoid), space-filling, polyhedral、stereoviews ★ Ball-and-stick (Pluto) plots ★ Ball-and-stick (Pluto) plots vs ORTEP Plots: molecular structures, fragments, or coordination geometry, etc. 连键参数Covalent bonds: Sum of atomic (or ionic ) radii plus 0.5 ? Space-filling diagrams: actual structures, aromatic p-p stacking Interactions, helical structures 孔洞的计算问题：有效距离与原子距离？ Sizes of the channels: van der Waals radii, H-atoms included Cavities or Voids + 3.24 ? 6.56 ? 省略了什么？不同圆 代表什么？ 用WORD插入文字等 彩色结构图: OLEX 球棍模型, 填充图, 分析拓扑结构, 可以提供拓扑结构的示意图 1) 陈小明，蔡继文 《单晶结构分析——原理与实践 》，科学出版社，2003.9 2) 周公度，郭可信，《晶体和准晶的衍射》，北大出版社，1999 3) 周公度，《晶体结构测定》， 单晶结构分析的若干问题 晶体结构分析的步骤 Crystal Structure Solution Practical Problems 晶胞的错误确定 超结构（superstructure）:忽视较弱的衍射点，这些较弱衍射点可以使一个或几个晶格参数翻两倍或三倍 ? 真实结构的平均结构, 部分原子团接替叠加?无序 晶胞的误差太大： 如：单斜晶体的a或g角偏离90o达零点几度，程序可能会把该晶体的晶系确定为三斜 ? 对称性被定低了 偶然的90o ： a = 564.3(2)，b = 1562.5(8)，c = 1764.1(8) pm，b = 89.98(4)o，a = g = 90o。 ? 正交？对称性被定高了 检查：等效点的等效性！ Rint = Rsym = ?| Fo2 - Fo2(mean)| /? [Fo2] = ? Rint ? 0.1，所谓等效衍射点就不等效 等效衍射点在衍射强度数据中是重要的，不是多余的！ 2. 空间群错误指认 1）晶胞的错误确定引起的空间群错误指认 晶胞参数的错误几乎必定导致空间群错误指认 2）多种可能空间群之间的挑选中，人为降低晶体的对称性 中心对称降低为非中心对称：P-1 ? P1; C2/c ? Cc; 原因：非中心对称空间群易于结构解析 3）由系统消光规律的错误判断引起的空间群错误指认 某种系统消光规律：部分违反现象 ? 程序错误判断 例如：b方向有21轴, 0k0衍射中，k ≠ 2n时，系统消光 10衍射点中，3－4个轻度违反[即I 3s(I)] 实例 晶胞参数为 a = 1011.9(2), b = 1235.0(3), c = 1033.2(2) pm a = 90.03(2), b = 94.07(2), g = 90.05(2)o 晶系： 三斜P 单斜P Rint值： 0.010 0.009 平均|E2-1|值为 0.885 单斜P 中心对称 ？ 程序 ? Pm, P2或P2/m 化合物C10H11O8.5Tb的系统消光分析 21轴存在？ a滑移面？ P21/a ？ 晶胞转换：一般由程序完成（XPREP 、PLATON） 转换矩阵 原晶胞 新晶胞 转换后晶胞参数：a =1033.2(2), b = 1235.0(3), c = 1011.9(2) pm a = 90, b = 94.07(2), g = 90o 空间群P21/c 原晶胞参数： a = 1011.9(2), b = 1235.0(3), c = 1033.2(2) pm a = 90.03(2), b = 94.