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微卫星DNA在种下分化及近缘种的鉴定中的应用 姚远 2008年6月 前言介绍 早在1974 年，Skinger在蟹的DNA中发现了一类短串联重复序列TAGG，随后人们在人、动物和酵母的基因组中都发现了大量的简单重复序列， 因为其比小卫星(10-25bp)短，每个重复单位仅为1-6bp，重复数10-20次，是头尾相连的串联重复序列，故称微卫星(microsatellite)，又称为简单序列重复DNA(Simple Sequence Repeat，SSR)。 根据微卫星核心序列排列方式的不同，可分为完全(perfect)，不完全(imperfect)和复合型(compound)微卫星。 微卫星DNA的结构和功能 结构： （1）微卫星DNA核心结构是由2~10个核苷酸为重复单位串联组成的长达几十个核苷酸的序列，它在真核生物的基因 组中广泛存在，并且具有较高的多态性 （2）按照重复结构的不同，可分为3种基本类型:完全重复型/不完全重复型/复合型 （3）同时，微卫星DNA既可存在于基因组的非编码区中，也可存在于基因组的编码区中 功能 (1)其具体功能还不是完全清楚，目前一般认为它可能参与基因调控、影响基因的转录和翻译等过程，从而影响蛋白质的编码和功能，它的积累最终会导致表型的改变 (2)此外，微卫星DNA还有可能参与染色体折叠，维持染色体结构，参与端粒和着丝粒形成，并且在细胞周期调控和错配修复等方面起到一定的作用 (3)而对于其来源，目前认为微卫星丰富的多态性的产生可能与DNA重组过程中的不等价交换有关，也可能与DNA复制过程中的“滑链错配”( slipped-strand mispairing)有关 功能延伸 从进化角度看，物种间重复序列并不是以前一些人所认为的“垃圾”序列，其差异是自然选择的结果，在生物进化过程中起着重要的调节作用。进化层次越高的生物，重复序列占总DNA的比重越大。 微卫星标记技术概况 1.微卫星标记的基本原理 SSR标记由核心序列和两翼的保守序列组成，根据两侧保守的DNA 序列设计出互补的特定寡核苷酸引物，然后对基因组DNA 进行PCR 扩增，利用琼脂糖凝胶电泳或高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶电泳对PCR扩增产物进行分离，从而检测出DNA的多态性，即检测出了不同个体在每个微卫星座位上的差别。 (1)微卫星DNA在真核生物中广泛存在 (2)通常呈孟德尔式遗传，具有很好的稳定性、多态性和杂合度，并且等位基因间呈共显性遗传特点(3)DNA用量少，并且可以利用非损伤取样，如从唾液、毛发、排泄物、珍贵标本以及化石材料中取样进行种群遗传结构的研究(4)从一个物种中获得的微卫星引物在近缘种中具有一定的通用性，随着现在大量序列数据的出现，使设计未知物种的微卫星引物越来越方便(5)微卫星DNA较容易扩增，且PCR产物通过电泳可检测到单碱基的差异，遗传信息量大(6)微卫星DNA检测容易，适合进行自动化分析，省时省力。 微卫星标记在昆虫学研究中的应用 群体遗传结构的分析 杨效文等通过构建棉蚜(Aphis gossypii)基因组DNA 300 - 800 bp的 插入文库，筛选出2个微卫星位点，并对棉蚜的种群分化做了深入研究。 Kamau et al.利用微卫星位点多态性研究冈比亚按蚊，发现地理上的隔离使得不同地区的种群由于缺乏基因交流，而导致种群分化。 Evans利用微卫星标记分析了Myrmica tahoensis种群的遗传关系，发现同时产生雄性和雌性后代的群体中，个体间亲缘关系较远;主要产生雌性后代的群体中，则由亲缘关系极近的雌性(工蚁和蚁后)组成。 Kim et al.利用微卫星标记分析了美国9个州10个地区595个玉米根虫(Diabrotica virgifera)的遗传多样性，明确其种群的遗传结构。 遗传图谱的构建 Lanzaro et al. 应用微卫星的多态性绘制了冈比亚按蚊(Anopheles gambiae)的基因图谱，发现相对于同工酶，微卫星具有更高的多态性。 Gadau et al.构建了包含6个微卫星和73个RAPD 标记的熊蜂(Bom busterrestris)的遗传连锁图谱，将它们定位在21个连锁群内，共计935. 1cm，并利用隔离分析法定位了熊蜂性别决定基因的位点。 Li et al.利用微卫星标记构建了31个不同起源的家蚕品系(Bombyxmori)的指纹图谱，表明SSR 标记可作为序列示踪位点( sequence