遗传标记与基因组作图预案.ppt

2、种内基因组遗传的多态性 尽管在种内或种族内绝大部分的基因组序列是保守的，但所有基因组中都天然存在有多态性区域，可以用来鉴别每个个体。 个体遗传物质DNA的多态性 个体呈现出多态现象 例如人类个体在身高、血型、肤纹等表型 DNA多态现象以孟德尔共显性遗传方式传递 基因组多态性的类型 1)．可变数串联重复(variable number of tandem repeat， VNTR)多态性 Jefferys(1985年)等用Southern杂交的方法检测到人类基因组中存在一类多态现象。这类多态性主要表现为等位片段(基因)内在的串联重复核苷酸单元的拷贝数不同，从而使得等位片段(基因)的长度呈现多态性。这类多态现象因此被称为可变数串联重复多态。每个特定位点的VNTR由两部分组成：中间的核心区和外围的侧翼区，核心区含有至少一个以上“重复”的短顺序。由于这类多态在结构上与卫星DNA相似，故又可根据重复单元中的核苷酸数目多少，将其分为小卫星DNA和微卫星DNA。 2)．散在重复的DNA顺序多态性 Alu I顺序 哺乳动物基因组中的散在重复DNA顺序，研究发现人类的AluI顺序也存在多态性。 人类Ⅲ型胶原纤维基因的第8个内含子存在一类种族特异性的Alu I顺序: 35％的美国黑人 1％的高加索人 而印第安人、东南亚人中则不含有这种顺序。 人类Y染色体中有一类特有的Alu I顺序，称为YAP(Y Alu polymorphism)，其在不同人群中存在明显不同的多态分布。 3）．单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism，SNP) 单核苷酸多态性，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA顺序多态性。它是人类可遗传变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。估计人类基因组中有300万个，平均1个SNP/500—1 000个碱基。理论上讲，SNP既可能是双等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是双等位多态性的。SNP既可存在于基因顺序内，也可存在一基因以外的非编码顺序中。存在于编码顺序中的SNP虽然较少，但其在遗传疾病研究中却具有重要意义。相当一部分SNP直接或间接地与个体间的表型差异、人类对疾病的易感性和抵抗能力有关，因此，对SNP的研究越来越受到人们的关注。 CCCGTGGTTCGAGCG-AGTCAGCATGCTGGTTATTCTCCTCAACTGTGTGACTCTGGGTA 298 ||| ||||| ||||| | |||||||| |||| || || |||||||| ||||| ||||| | Sbjct 612 CCCCTGGTTTGAGCGCA-TCAGCATGTTGGTCATCCTTCTCAACTGCGTGACCCTGGGCA 670 Query 299 TGTTCAGGCCGTGTGAGGACATTGCCTGTGACTCCCAACGCTGCCGGATCCTGCAGGCCT 358 ||||| |||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 671 TGTTCCGGCCATGCGAGGACATCGCCTGTGACTCCCAGCGCTGCCGGATCCTGCAGGCCT 730 Query 359 TCGACGACTTCATCTTTGCCTTCTTTGCTGTGGAAATGGTGGTGAAGATGGTCGCTTTGG 418 | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||| Sbjct 731 TTGATGACTTCATCTTTGCCTTCTTTGCCGTGGAGATGGTGGTGAAGATGGTGGCCTTGG 790 Query 419 GTATCTTTGGGAAGAAA-TGTTACCTGGGAGACACTTGGAACCGGCTTGACTTTTTTATC 477 | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 791 GCATCTTTGGGAA-AAAGTGTTACCT