MISTT058_full.doc.docVIP

以基因微陣列反轉量分析基因的單一抑制調控 李佳儒b, 1、江彥逸a、張佳純b、張欣怡b、羅育如b、張慧朗c、陳春賢a, 2 a長庚大學資管系 b長庚生物資訊中心 c長庚醫院外科部 1b8844030@.tw, 2cchen@.tw 摘要 基因微陣列技術的使用，有助於基因表現的定量分析，以SOM）、反轉量 壹、緒論 基因微陣列晶片(microarray)以微小化技術整合生物有機分子(核酸)為生化探針，用來檢測生物性分子是否存在。生物晶片反應快速、探針體積小且數量眾多，因此可作為快速大量篩檢基因表現的工具[1]。生物與醫學研究人員進行基因微陣列實驗產生出大量的資料，可幫助瞭解生命運作系統，包括基因的調控、細胞發展、生物演化，甚至是基因與疾病之間的複雜關係。實驗所得到的基因表現資料量龐大，畫在幾張圖上或是把資料放在幾個檔案裡面是無法有效進行分析的。為了有效分析這些資料所含有的意義，可適切的運用資料探勘技術。 叢集分析是一種常用的資料探勘技術[2]，已經發展了相當長的時間。常用的叢集分析方法包含階層叢集分析 (Hierarchical Cluster Analysis)、自組織特徵圖類神經網路 (Self-Organized Feature Map, SOM)及k-means等[3]，經常被廣泛應用在基因微陣列晶片資料分析上[4,5]。 叢集分析的方法是假設分在同一群中的樣本有相似的特性，因此對基因表現的時間序列資料而言，被歸為同一叢集的基因通常在所有時間點中有極相似的表現行為，因此可能擁有相似的生物功能。雖然叢集分析無法提供證據證明這個假設，但可以提供基因表現相似的程度以輔助下一次實驗的設計和驗證[6]。 酵母菌(budding yeast, Saccharomyces cerevisiae)雖是單細胞生物，卻是分子遺傳學的重要模式生物之一，有真核生物的細胞功能。酵母菌特有的生活史可供分離重要細胞功能，也可被用來研究跨物種未知功能蛋白的工具。酵母菌的基因組已經被定序完成，所以有許多文獻討論酵母菌的細胞週期、孢子形成及從發酵生活轉到呼吸生活代謝轉變，而且整體基因表現變化的資料可以透過網路容易得到。此外實驗時容易取得相同輸入條件的資料，故十分適合基因表現的定性分析，用以了解基因的功能[7]。Gibbons和Roth兩人針對酵母菌的微陣列資料，包括細胞週期、壓力反應及突變種對壓力反應這三大類的資料，以叢集分析的方法分析比較後，發現在檢測壓力反應的實驗中，以SOM分析出來的結果最好[6]。另外SOM有下列幾項優點：1.具平行處理能力，故速度快，可作即時輸出。2.具學習能力，可以自行由例子中尋找規則性。3.有保持菁華的能力。當接受足夠訓練後，雖然資料輸入不完整或有雜訊，亦能由其中特性得知其原來面貌[8]。 根據Yu等人的研究已知在酵母菌上的基因調控可整理成6大模式，其中一個模式即是抑制調控[9]。我們希望能用SOM分析由酵母菌從無氧轉變到有氧生活代謝轉變的基因表現資料，以探索呈現負調控的基因對。 貳、材料與方法 一個基因可能受到數個基因的調控，也可能只受到單一基因的調控，前者是比較複雜的調控，很難以單純的叢集分析來分析這樣的行為。在後者這樣的單一調控行為中，若有一個基因只受到另一個基因的促進，則兩者隨時間變化的基因表現量呈現相同的趨勢，其上下起伏的變化會非常相似，若有一個基因只受到另一個基因的抑制，則兩者隨時間變化的基因表現量會呈現上下相反，如同鏡像。如圖1(A)所示，本研究想從基因微陣列基因表現的時間序列資料中，找到其中成對的基因行為呈現有直接單一抑制的情形，因此形成一組資料。在圖1(A)中實線代表基因C表現量，虛線代表基因D表現量，兩個基因的表現行為在時間序列的資料中呈現相反的情形。 首先，我們收集每個基因在所有時間點的基因表現量。在進行資料分析前，我們發現原始資料若未進行正規化時，基因表現的時間序列資料會呈現非常離散的散佈情形，在做過正規化後，資料可調整到一個區間內，但行為表現相反的計算上卻不太容易達成，因此我們使用如下方式，以每個基因在共n個時間點的基因表現量平均值m為中心，將每個基因的表現量個別做反轉（如圖1B)所示），因此形成另一組資料。若xi為任一個基因在時間點i的表現量，則其m值為 （1） 然後，再將二組資料合併，利用叢集分析方法求得每個群集中表現相反的成對基因，再根據這些成對基因的密合程度，給一排序後的名次，以表示這些成對基因可能發生直接單一抑制行為的可能性高低。 圖1：(A)兩個基因C與D在七個時間點的表現量。(B)基因D在七個時間點的表現量經過反轉後，可以看出基因C與D兩者基因表現量的相反密合程度。 有不少研究是以基因微陣列的基因表現資料與叢集分析的方式來分析有哪