计算生物学资料.doc

第一讲：学科间的关联 ? 首先锁定研究对象：分子 + 环境，或者更大的体系 – 分子：单个或几个分子 ，千万个分子 – 环境：多个分子，连续介质 ? 计算途径：原理 + 算法 – 原理：物理学，化学，生物学 – 算法：数学、统计学 生物信息学Bioinformatics ? 数据挖掘data mining ? 机器学习machine learning/artificial intelligence – 算法：决策树Decision tree, 随机森林Random forests, 关联式规则 Association rule, 人工神经网络Artificial neural networks, 遗传编程 Genetic programming, 诱导逻辑编程Inductive logic programming, 支持 向量机Support vector machines, 聚类Clustering, 贝叶斯网络Bayesian networks,系综学习Ensemble learning, … – 应用：模式识别pattern recognition ? 分类Classification, 回归Regression, … ? 可视化visualization 方法Methods ? 信息Information databases, data mining, web technologies, online query, sequencing, alignment, discovery, judge, ? 理解Understanding image processing, visualization, statistics, data fitting, modeling, ? 预测Prediction interaction, energy terms, scoring function, simulation, structure, superposition 第二讲：经典力学 一、与研究对象如何关联？ 二、现有的方法合理吗？ 三、你自己关心的问题如何描述？ torsion Dihedralδ= 0,π;cos(δ) cos(mφ)=cos(mφ+δ) 第三讲：分子间相互作用 ? 有哪些分子间相互作用？ ? 能量表达项重叠吗？ ? 加和与权重？ 静电 第四讲：打分函数1 基于力场的打分函数 The force-field-based scoring functions ? 打分函数的本质是什么？ ? 打分函数正确吗？ ? 如何减小误差？ 第五讲：打分函数2 基于力场的打分函数 The force-field-based scoring functions ? 有多少途径来计算打分函数？ ? 整体计算还是分解成能量项来计算? ? 能量项之间的物理意思重复吗？ 第六讲：打分函数3 三种打分函数 ? 1, Force-field-based scoring functions ? 2, Empirical scoring functions ? 3, Knowledge-based scoring functions 同样的几个问题 1. 包含什么？ tRNA, mRNA, protein, water 2. 有何关联？ tRNA-mRNA; mRNA-protein 3. 可否调控？ tRNA的移动过程; protein的形成 4. 计算模型？ 水分子；离子；药物小分子等 不同体系，不同方法 Multiple proteins 蛋白质内部，buried molecule, loop flipping 蛋白质之间：binding sites Rotation H-bonding Electrostatic interaction Van der Waals interaction 精确的计算方法，快速的近似方法 质内部，buried molecule, loop flipping 蛋白质之间：binding sites Rotation H-bonding Electrostatic interaction Van der Waals interaction 精确的计算方法，快速的近似方法 数学、统计学 ? 数字拟合，分类与回归，贝叶斯推断，蒙特 卡罗方法，马尔可夫链 ? 微分方程解析解与数值解，矩阵与数值计算 ? 集合，拓扑学，图论，群伦，排列组合 计算机科学 ? Linux操作系统： – Serial computing, – Distributed or parallel computing (并行计算), MPI – Linux scripts, sed, awk – Perl,