分子模拟复习纲要-2010.docVIP

与实验相比，计算机模拟的优点：（p1） 1）成本降低；2）增加安全性；3）可研究极快的反应和变化；4）得到较佳的准确度；5）增进对问题的了解 常见的分子模拟方法：(p1-p4) 1）量子力学方法；2）分子力学方法；3）蒙特卡洛模拟； 4）分子动力学模拟；5）布朗运动模拟。 关于模拟模型 模拟体系中分子模型的建立是实现分子模拟的基础。通常情况下，基于力场的分子模拟其数学建模的建立划分为两个阶段：1）原子、基团、分子的数学坐标的建立；2）力场函数形式的选取及参数的分配。 模拟计算的成败很大程度上取决于力场的适用性、计算速度的快慢、计算方法的正确性以及起始结构的合理性。一般常用分子力学方法计算分子的最低能量构象、构型转换能障、振动频率和各种热力学性质。 以108个水分子的模拟为例 A. 选择模拟软件 常用的分子动力学模拟软件包：AMBER；CHARMM；GROMACS;NAMD;DLPOLY TINKER软件包是Jay William Ponder 教授开发的一个较完整的分子模拟软件包，涵盖分子力学、分子动力学模拟、蒙特卡罗模拟等计算。可以使用许多常用的力场及参数，如Amber力场, CHARMM力场,OPLSAA力场、MM 系列力场以及 Ponder 等发展的AMOEBA 极化原子多极矩力场。 B. 小分子建模软件 Gaussview 3.0 获得单分子坐标TINKER Crystal 获得单胞、晶体坐标 C. 关于坐标 利用实验手段获得分子结构（数学坐标）一般是模拟工作者的第一选择。目前，可以获得分子结构的实验手段主要包括：X射线衍射法，NMR谱等。实际模拟中，一些大分子蛋白及核酸3D晶体结构可以从蛋白质数据库得到。此外，许多模拟对象的几何结构也可以通过理论计算和一些建模软件得到 全原子力场 若力场考虑系统中所有原子，称为全原子力场 联合原子力场 将原子基团合并考虑，称为联合原子力场 如针对长链烷基化合物所设计的力场。此力场将甲基与亚甲基均视为一原子团，质量分别为15及14原子质量单位。原子团的中心位于碳原子上。 分子内坐标 O H 1 B1 H 1 B2 2 A1 B1 0 B2 0 A1 109分子的内坐标是由原子序号、原子类型、键长、键角和二面角等组成，用以表述分子的结构信息。(TINKER 坐标 正丁烷) 14 C4H10 //charmm27 1 CT3 -1 0 0 27 2 3 4 5 2 HA -1 1 0 1 1 3 HA -1 1 -0 1 1 4 HA -2 0 0 1 1 5 CT2 -1 -0 0 26 1 6 7 8 6 HA -1 -0 0 1 5 7 HA -1 -0 -0 1 5 8 CT2 0 -0 -0 26 5 9 10 11 9 HA 0 0 -0 1 8 10 HA 0 0 0 1 8 11 CT3 0 -1 0 27 8 12 13 14 12 HA 0 -2 -0 1 11 13 HA 1 -1 0 1 11 14 HA 0 -2 0.877669