第11章真核基因表达调控论述.ppt

* 真核基因表达调控 * （1）DNA结合结构域 DNA结合域含一个DNA结合基序，结构域的一部分，有特定的形状以结合特定的DNA。大多数DNA结合基序都又归纳为以下几类： * 真核基因表达调控 * 转录激活因子结合DNA的结构基序 调节蛋白与DNA之间存在着复杂的相互作用，包括： ①磷酸基团与带正电荷氨基酸残基之间的离子键； ②亲水性氨基酸与磷酸基； ③糖基或碱基与氨基酸之间的氢键； ④芳香氨基酸与碱基之间的杂环分子平面堆积作用； ⑤非极性氨基酸与碱基形成的疏水相互作用等等。 通过对多个较弱的非共价键加以组合，可使DNA-蛋白 质的结合具有很高的强度和特异性。 * 真核基因表达调控 * 结合结构域中的α螺旋或β折叠形成特定的组合，在X-射线衍射和核磁共振(NMR)图谱中呈现出各自的特征，对应的模式称为基元或基序 motif。 在各种结构基序中，锌指、螺旋-环-螺旋和亮氨酸拉链最普遍，占已知转录因子80％。 常见蛋白与DNA结合区域一些特殊结构基序有以下几种： * 真核基因表达调控 * 第1类：HTH和同源结构域 同源结构域(homeodomain, HD)是一类在激活因子大家族中发现的DNA结合域，由于其编码基因的区域为同源盒(homeobox)而得名。 HD含有大约60aa，与原核生物的DNA结合蛋白质 (如λ噬菌体阻遏物) 中的螺旋-转角-螺旋的DNA结合域在结构与功能上类似。 同源结构域广泛存在于各类激活因子中，最早在调控果蝇发育的激活因子同源框蛋白（homeobox protein)中发现。 * 真核基因表达调控 * 同源框蛋白基因突变会引起果蝇肢体移位畸形。 如触角足(antennapedia)的突变体，腿长在原来触角所在的位置(头部原来生长触角的位置长出了足。 * 真核基因表达调控 * 同源结构域蛋白是DNA结合蛋白中 的螺旋-转角-螺旋家族成员。每个 同源结构域蛋白包括3个α螺旋，第 二、三螺旋形成螺旋-转角-螺旋基 序，第三个螺旋作为识别螺旋起作用 。大多数同源结构域蛋白的N端还 有一个不同于螺旋-转角-螺旋的臂， 可插入DNA小沟。右图显示来自果蝇 的一个典型同源框与DNA靶序列之间 的作用。此图是T Komberg等人对 engrailed蛋白同源结构域与含有其对 应结合位点的寡核苷酸复合物共结晶 的X射线衍射分析结果。 * 真核基因表达调控 * 第2类：锌指结构 它们利用一个或多个锌离子形成合适的构象，使结合DNA基序的α螺旋能进入DNA双螺旋的大沟的特定位置上。 TFⅢA, 9 个经典的 Cys2-His2 (C2H2) 锌指; 糖皮质激素glucocorticoid receptor (GR), 2 Cys2-Cys2 (C2C2) 锌指 在锌指结构中，Zn2+有四个配价键，呈四角型分布，分别与Cys/Cys，或His/His结合。 其中靠近N-端一侧的肽链形成反平行的β折叠，对侧则盘绕为α螺旋，通过C-端α螺旋中带正电荷的残基识别DNA序列。 * 真核基因表达调控 * 第3类： bZIP和bHLH 基序 bZIP是碱性亮氨酸拉链基序(leucine zipper) 亮氨酸拉链中α-螺旋的突出特点是每隔7个AA残基出现一个leu。 这种出现频率使leu大都集中排列在α-螺旋的一侧,借助leu侧链的疏水相互作用而形成同向平行的拉链状结构 另外约30个残基的序列富含Lys、Arg，是与DNA结合的碱性区域，因此亮氨酸拉链区的作用是将其自身的一对二聚体蛋白分子拉在一起，以便结合两个相邻的DNA序列（多数为回文序列） * 真核基因表达调控 * bHLH是碱性螺旋-环-螺旋基序(helix-loop-helix, HLH)。 一种新型DNA结合蛋白，由40-50个AA残基形成两个两性的α螺旋，中间 由长约9-20个氨基酸残基间隔的可变连接区(突环)，通过兼性的螺旋疏水面相互作用形成二聚体。 都属于强碱性DNA结合基序（结合DNA），存在于CCAAT框/增强子结合蛋白(C/EBP)、MyoD蛋白(肌细胞定向分化调节因子)及其它真核细胞转录激活因子中。这种基序能与1或2个蛋白质二聚化的结构域(protein dimerization motif)连接。 * 真核基因表达调控 * （2）转录激活结构域 转录激活结构域一般由20~100aa组成，它们 与DNA结合结构域在空间和功能上是分开的。 有3类结构特点不同的激活结构域： 酸性域，代表：酵母转录激活因子GAL4 富含谷氨酰胺域，代表： Spl、Oct-1~2、 GAL11、Jun 富脯氨酸域，代表：核转录调控因子CTF/NF-1家 族，Ap2等的CTF家族，主要结合GC框。 * 真核基因表达调控