比较基因组学论述.ppt

基因组分类： 1、通过比较确知其功能的。 2、在数据库中有相匹配的蛋白，但不知道其功能。 3、在现有的数据库中找不到任何相匹配的蛋白质序列的新基因。 比较基因组学（Comparative Genomics）  　 比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。 利用不同物种基因组之间功能区域顺序上、组织结构上的同源性 克隆新基因 揭示基因功能 阐明物种进化关系、基因组的内在结构 部分真核、原核生物基因组成成份分析 比较基因组学研究方法及思路 模式生物基因组研究揭示了人类疾病基因的功能，利用基因顺序上的同源性克隆人类疾病基因，利用模式生物实验系统上的优越性，在人类基因组研究中的应用比较作图分析复杂性状，加深对基因组结构的认识。 相似性 (similarity) 同源性 (homology) 直系同源 (orthology) 旁系同源 (paralogy) 模式生物： 作为实验模型以研究特定生物学现象的动物、植物和微生物。从研究模式生物得到的结论，通常可适用于其他生物。 目前在人口与健康领域应用最广的模式生物包括：噬菌体、大 肠杆菌、酿酒酵母、秀丽隐杆线虫、海胆、果蝇、斑马鱼、爪 蟾和小鼠在植物学研究中比较常用的有：拟南芥、水稻等。 　 随着生命科学研究的发展，还会有新的物种被人们用来作为模 式生物。但它们会有一些基本共同点： 1 基因组小，便于研究遗传规律 2 具有重要的经济利用价值 3 易操作，易培养，繁殖快。 直系同源　　直系同源的序列因物种形成而被区分开，若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的。  旁系同源 旁系同源的序列因基因复制，而被区分开，若生物体中的某个基因被复制了，那么两个副本序列就是旁系同源的。 直系同源的一对序列称为直系同源体 （orthologs），旁系同源的一对序列称为旁系同源体（paralogs）。 　　 直系同源体通常有相同或相似的功能，但对旁系同源体则不一定，由于缺乏原始的自然选择的力量，复制出的基因副本可以自由的变异并获得新的功能。 “一个物种的不同器官之间的差异要比与另一物种的同一器官之间的差异大的多。” 　　 比较分子遗传作图 比较分子遗传作图就是利用共同的遗传标记对相关物种进行物理或遗传作图，它的基础是物种间D N A 序列尤其是编码序列的保守性。 通过比较这些标记在不同物种基因组中的分布情况，揭示染色体或染色体片段上的同线性(synteny)或共线性(eollinearity)， 从而对不同物种的基因组结构及基因组进化历程进行精确分析。 同线性Synteny 指存在于同一条染色体上的基因座， 但尚未证明有连锁现象。 假设物种之间有一个共同的祖先,在漫长的进化中, 染色体发生断裂,重排,加上基因内部的变化,成为各种不同的物种。但是未发生断裂重排的完整片段内部的基因组织和连锁顺序在不同的物种中保持不变,这就是同线性 。 基因座（locus，loci） 基因在染色体上所占的位置。在分子水平上，是有遗传效应的DNA序列。形象地说，一对染色体可想象为两条平行线，染色体上一个给定的位置，好比两平行线上的一点或一段，叫做基因座。 共线性（eollinearity） 一个物种的基因组中相互连锁的基因，在另一物种的基因组中也是连锁关系，而且在两个物种的遗传图上的位置也是相似的。 宏观共线性：遗传连锁图上锚定标记排列次序的一致 性 微观共线性：物理图上基因序列排列一致 进化距离近的物种间保持很好的微观共线性，在进化过程中，基因共线性被各种因素破坏，进化距离越远的物种之间基因共线性越差，两个物种之间的共线性程度可以作为衡量它们之间进化距离的尺度。 遗传图谱 遗传图谱(geneticm)是应用杂交育种以及家系分析等遗传学方法构建的能显示基因以及其它序列特征在基因组上位置的图，构建基础是染色体的交换和重组。 遗传图谱的构建一般采用形态标记、细胞学标记、生化标记和D N A分子标记等4 种遗传标记。 物理图谱 物理图(Physicalm )是采用分子生物学技术直接将D N A 分子标记、基因或者克隆标定在基因组实际位置