凝胶成像及Quanity One中文操作说明.doc

凝胶成像及Quantity One中文操作说明 第一章 简介 凝胶电泳是每个做分子生物学的天天都要打交道的基本技术。电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。目前有大量软件可以用于分析电泳结果，要向大家介绍的是Bio-Rad的1D凝胶软件Quantity One（Bio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest）。Quantity One软件是常用1D凝胶分析软件中功能最强大，自动化程度最高的软件。这个软件的最新版本以在Bio-Rad的免费下载。 每个菜单的主要功能如下： File 图像打开、保存、引入、打印等操作 Match 分子量估算、条带匹配分析 Edit 图像普通编辑操作 Volumn 定量分析 View 图像缩放、三维视图、看光密度值等操作 Analysis 浓度估算、克隆计数等分析 Image 图像旋转、翻转、裁切等操作 Reports 分析结果输出 Lane 泳道分析 Window 窗口分析 Band 条带分析 Help 帮助、快捷菜单、软件注册等 往下一行是工具栏，上面每个按钮的功能见下表： 打开文件 图像显示控制 条带分析工具 保存操作 显示条带 匹配工具 打印图像 去除分析标记 轮廓修改工具 看全图 图像工具 打印快捷指南 局部放大 文字工具 定量分析快捷指南 拖曳 定量工具 条带分析快捷指南 放大并居中 灰度分析工具 克隆计数快捷指南 缩小并居中 泳道分析工具 Quantity One软件Help(Quick Guide快捷指南提示如何实现一个功能，如定量分析(Volumes Quick Guide)，电泳条带分析(Band Analysis)，差显分析(Differential Display Analysis)，克隆计数(Colony Counting Analysis)等。快捷指南下有1，2，3…步骤，根据提示完成。 使用Quantity One软件进行电泳结果分析，通常包括图像获取、图像预处理、分析、结果输出四部分。图像获取就是通过软件控制扫描仪（GS-800、PharosFX等）或凝胶成像系统（GelDoc、ChemiDoc、VersaDoc等），图像预处理就是将扫描或拍照获得的原始图像进行初步处理，以便更好地进行后续分析。接下来是分析过程，根据分析的方法和目的不同，又可以分为定量分析、条带分析、克隆计数、差异（聚类）分析等等。不管如何分析，最终我们都必须通过软件的输出功能，得到我们想要的结果。Quantity One软件提供了多种结果输出方式。在接下来的几章里，我们将按照这个思路，一步步引导您使用这一软件。 第二章 图像获取 Quantity One 4.4－4.6版本可以控制Bio-Rad目前几乎所有的图像仪，如GelDoc XR、ChemiDoc XRS等。这些图像仪采集到的图像，可以直接保存成软件可直接分析的图像，即扩展名1sc的原始图像文件。下面将具体介绍如何通过Quantity One软件从GelDoc XR获取图像。 GelDoc XR是Bio-Rad凝胶成像系统中最常用，操作最简便的仪器，它可以用来拍摄EB、SYBR Green等染料染的核酸电泳凝胶；Sypro Ruby、银染、考马斯亮蓝等方法染的蛋白电泳凝胶；以及化学显色的印记膜等。 使用GelDoc XR之前，先接通电源，打开位于仪器背面右下角的电源开关；然后根据具体的应用选择合适的照明和滤光片位置。原则如下： 表格形式模式1. 如果样品是通过EB、SYBR Green、Sypro Ruby等染料通过紫外激发来显色，就先将样品置于紫外透射平台(UV Transilluminator)的中间，关上暗箱门，然后按下面板上的“Trans UV”按钮，并将滤光片选择杆置于位置“I”处。模式2. 如果样品是通过金属银、考马斯亮蓝等染料染色，就先将白光转换屏 (White Light Conversion Screen)取下，打开下部的开关，放在紫外透射平台上，样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的“Trans White”按钮，并将滤光片选择杆置于位置“I”处。模式3. 如果是化学显色等非透明可见样品，则用模式2中所示方法，将样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的“Epi White按钮”，并将滤光片选择杆置于位置“O”处。 接下来打开Quantity One软件，选择File》GelDoc XR，按以下顺序操作： 按下Live/Focus，成像仪进入实时成像；② 选择照明模式，一般核酸胶用UV,蛋白胶用White模式 注意，选择完成后，要按下成像仪面