第2章遗传图的绘制student精讲.ppt

* * * * * * * 2.3 遗传作图的方法 2.3.1 连锁分析 遗传作图主要依赖于连锁分析 1905，Bateson，Saunder和Punnett；1911年Morgan揭示了连锁分析的意义 同一染色体上的两个基因理论上应该共同传递给下一代。但事实上同一染色体上的完全连锁的想象只有极少数。大多数的基因是部分连锁的 摩尔根用减数分裂时染色体的行为解释了同一染色体上的基因部分连锁的现象 部分连锁的原因是基因之间发生了交换 摩尔根学生Sturtevant提出如果交换是随机发生的，一对并列的染色单体上任何两点发生交换的机会是均等的，那么基因间因交换而去连锁的概率与它们在染色体的距离成正比 因此重组率可以成为测量两个基因之间相对距离的尺度 计算出不同基因间的重组率，就可以构建出显示基因在染色体上相对位置的图。 通过重组率作遗传图 遗传作图的偏离 染色体上有重组热点（recombination hotspot)，染色体上这些位点之间比其它位点间有更高的交换频率，比如近端粒区和远着丝粒区有较高的的重组频率 性别之间也有重组频率的差异 两个基因间的多次交换会造成距离减少的假象 虽然遗传作图有偏离的缺点，但通常能正确推断出基因的顺序，而且对基因间距离估计的精确度足以构建出可为基因组测序计划提供框架的遗传图 2.3.2 不同模式生物的连锁分析 有性杂交实验 可进行有计划的遗传实验的材料，如果蝇、老鼠、水稻、玉米等 系谱分析 不能进行有计划的遗传实验的材料，如人类、多年生树木 DNA转移 不发生减数分裂的生物，如细菌和病毒 有性杂交实验的连锁分析 遗传作图的关键在于确定减数分裂产生的配子基因型，但一般情况下检测配子基因型很困难 通常是进行遗传杂交实验，通过实验确定分别来自于两个亲本的配子融合产生二倍体子代的基因型，标准方法是测交分析（test cross) 两点杂交 多点杂交 两点杂交 三点杂交 这个实验可确定标记C位于标记AB之间 用性状为标记作图有很大的局限性，只能通过对下一代个体性状的分离才能推测出上一代配子的基因型组成 DNA分子标记不以表型为参照，直接检测个体基因型组成，具有共显性特点，可提供当代个体基因型的分离比 以DNA分子标记构建遗传图的操作程序与经典的遗传作图类似，只是统计的性状是DNA标记 SSR分子标记连锁图绘制 SSR分子标记连锁图绘制 系谱分析作图 系谱分析法即对某家庭性状相关成员进行 统计，分析性状之间的连锁关系，通过重组率进行相关基因定位。 人类系谱分析 系谱分析作图 优势对数值（lod score）分析：lod值是基因连锁可能性的对数，用于判定所研究的两个标记是否连锁。如果优势对数分析确定了连锁，然后可以提供最可能的重组频率程度。理想的情况是资料来自不同系谱 巴黎人类多样性中心CEPH Lod3 两个位点连锁 Lod-2 不连锁 -2lod3 连锁关系不确定 细菌的遗传作图 接合（conjugation)：两个细菌形成物理性接触，DNA从一个细菌（供体）转移到另一个细菌（受体）中。转移长度可达1Mb。 转导（transduction)：以噬菌体为媒介，将小片段DNA(长度可达50kb)从供体菌转移到受体菌。 转化(transformation)：供体细胞释放的一段DNA（通常小于50kb)，经受体细胞摄取后整合到基因组中，可借助抗性培养基筛选重组克隆。 细菌间DNA转移的三种方式 细菌基因作图的基础 2.4 遗传图绘制 人类遗传图 1987年发表了第一份RFLP连锁图，含393个RFLP和10个其它多态性标记，这份连锁图来自于21个家庭，平均密度为10Mb 1994年发表的基因组图含5800个标记，包括4000多个SSLP,平均密度0.7Mb 1998年Broman发表了一份更详尽的遗传图，8000多个STR分子标记，利用了巴黎人类多样性中心提供的8个家系近百万个基因型，绘制了长达3500cM的人类全基因组遗传图，2.3标记/cM，密度为380kb 第2章 遗传图绘制 2.1 遗传图与物理图 2.2 遗传作图标记 2.3 遗传作图方法 2.4 遗传图绘制 基因组测序为什么要绘图？ 基因组测序策略 克隆重叠群法 全基因组鸟枪法 minimal tiling path 克隆重叠群法（clone contig approach) 先绘制高密度分子标记遗传图和大分子DNA克隆重叠群覆盖的基因组物理图，然后整合遗传图和物理图，绘制基因组整合图，挑选大分子DNA克隆逐个测序，最后进行序列组装。up to down contig:构成一段连续的DNA序列的一组相互重叠的DNA克隆 全基因组鸟枪法(whole genom