01_基因组学课件---基因组.pptVIP

;人类基因组计划（Human Genome Project, HGP）;Homo sapiens;已经完成基因组测序的部分生物种属;;;/low/basics/genetics/genomes/;;噬菌体（Bacteriophage） 寄生于细菌内的病毒 如：大肠杆菌噬菌体(coliphages) 遗传物质：单链/双链、环状/线状、DNA/RNA;模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);模式生物(Model Organism);第1章 什么是基因组;结构基因组学（structural genomics） 结构基因组学主要以构建生物的遗传图谱、物理图谱和转录本图谱及全序列测序为主要目标 功能基因组学 (functional genomics) 功能基因组学包括生化功能、细胞功能、发育功能和适应功能等的研究 比较基因组学（comparative genomics） 基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科 ;1.1 遗传的分子基础;遗传信息流的方向 ;1.1.1 DNA的化学与生物学 ;;RNA和DNA的核糖脱氧核戊糖其差异 在于第二个碳原子上的基团，前者是羟基，后者是氢原子;腺苷(AR) 脱氧胞苷(dCR);①A-T,G-C配对可形成很好的线性氢键 ②A-T对和G-C对的几何形状一样，使双链距离相近，使双螺旋保持均一 ③碱基对处在同一平面内。不论核苷酸的顺序如何，都不影响双螺旋的结构 ④为DNA半保留复制奠定了基础 ;DNA分子的 一级结构;作用于双螺旋结构的力 氢键－碱基对GC间形成3个氢键，AT对形成2个氢键 疏水作用(碱基堆积)－同一条链碱基之间碱基平面π电子形成强烈疏水作用 van der Vaals力－碱基平面之间距离0.34nm符合范德化作用力半径范围(0.17nm) 静电斥力(磷酸基)－双链磷酸基斥力使得两条链分开，Na＋离子中和磷酸基(屏蔽作用)，增加疏水作用； 碱基内能－碱基分子内能增加(温度等)影响碱基定向排列 结构 大沟（major groove） 小沟（minor groove）;碱基配对及氢键形成;螺旋桨效应;DNA的构象现已知有A，B，C，D，E，T，Z 7种 引起DNA双链构象改变的因素： 核苷酸顺序 碱基组成 盐的种类 相对湿度 ;;1972年 Pohl发现 poly(dG-dC)在高盐下旋光性发生改变 1979年 Wang A.H-J(王惠君)，A.Rich对 d(CGCGCG)单晶作X衍射分析提出Z－DNA模型;糖磷骨架呈“之”字形（Zigzag）走向 左旋 G糖苷键呈顺式，使G残基位于分子表面 分子外形呈波形 大沟消失，小沟窄而深 每个螺旋有12bp;可能提供某些调节蛋白的识别 啮齿类动物病毒的复制起始部位有d（GC）有交替顺序的存在 增强子 在SV40增强子中有三段8bp的Z-DNA存在 转录相关： 原生动物纤毛虫，它有大、小两个核，大核有转录活性，小核和繁殖有关。Z-DNA抗体以萤光标记后，显示仅和大核DNA结合，而不和小核的DNA结合，说明大核DNA有Z-DNA的存在，可能和转录有关。;所谓DNA的三级结构，是指在一二结构基础上的多聚核苷酸链上的卷曲。在一定意义上，是指双螺旋基础上的卷曲 三级结构包括链的扭结和超螺旋或者是单链形成的环或是环状DNA中的连环体 ;松驰型DNA （relax form）。 超螺旋（Supercoiled） DNA， 负超螺旋 正超螺旋 检测DNA三级结构的方法： 密度梯度离心 凝胶电泳 电镜观察 ;SV40小染色体的拓扑学结构 ;原核生物DNA的三级结构： 绝大多数原核生物的DNA都是共价封闭的环状双螺旋 如果进一步盘绕则形成麻花状的超螺旋三级结构 ;White方程： L=T+W L（Linking number）：链环数或称拓扑环绕数，指cccDNA中一条链绕另一条链的总次数。其特点是 L是整数 在 cccDNA中任何拓扑学状态中其值保持不变 右手螺旋对L取正值 ;W（Writhing number）：扭曲数，即超数旋数 其特点是： 可以是非整数 是变量 右手螺旋时，W取负值;T（Twisting number）：缠绕