高级生物化学-蛋白质的三维结构概念.ppt

第三节 蛋白质的三维结构;Hierarchy of Protein Structure;影响蛋白质的三维结构形成的因素： 1、与溶剂分子（通常是水） 的相互作用 2、溶剂的PH值和离子构成 3、蛋白质的氨基酸序列 （重要因素） 天然蛋白质只有一种或几种构象，是热力学上最稳定的;; 蛋白质构象;共价键;蛋白质分子中的共价键与非共价键;Covalent disulfide bonds ;Hydrogen bonds;A charged group is able to attract another group of opposite charges. (acid-base) ;Interactions that determine the tertiary structure of proteins;Forces that stabilize protein structure; An asymmetric electronic charge around an atom causes a similar asymmetry around its neighboring atoms. The attraction between a pair of atoms increases as they come closer, until they are repelled by van der Waals contact distance. Even though CH4 has no net dipole, at any one instant its electron density may not be completely symmetrical, resulting in a temporary dipole. This can induce a temporary dipole in another molecule. The weak interaction of these temporary dipoles constituents van der Waals forces. ; ;非极性物质间的亲和力： 疏水性引力;当疏水侧链折叠到蛋白质分子内部时,环境中水的熵____ 在水介质中,蛋白质的折叠伴随着多肽链熵的____ ; 中科院2006年硕土学研究生入学试卷;维持蛋白质空间构象的作用力;维持蛋白质空间构象的作用力;① 碱基堆积力形成疏水环境(疏水相互作用及范德华力)（主要因素） 。 碱基处于双螺旋内部的疏水环境中，可免受水溶性活性小分子的攻击。 ② 碱基配对的氢键。GC含量越多，越稳定。 ③ 磷酸基上的负电荷与介质中的阳离子或组蛋白的正离子之间形成离子键，中和了磷酸基上的负电荷间的斥力，有助于DNA稳定。; ;酰胺平面(The peptide group);两个肽平面以一个Cα为中心发生旋转;dihedral angles; 一个天然蛋白质多态链在一定条件下只有一种或很少几种构象，而且相当稳定。; 二面角（Φ、Ψ）所决定的构象能否存在，主要取决于两个相邻肽单位中非键合原子间的接近有无阻碍。 Cα上的R基的大小与带电性影响Φ和Ψ 当二面角都是180度时肽链完全伸展。 Φ和Ψ同时为0的构象实际不存在; Ramachandran根据蛋白质中非键合原子间的最小接触距离，确定了哪些成对二面角。;?? 拉氏构象图：（ Gly 除外）;四、蛋白质的二级结构;(一)α-螺旋Helix;1）绝大多数天然蛋白质都是右手螺旋。(为什么？） 2） 每隔3.6个氨基酸残基螺旋上升一圈；每圈间距0.54nm，即每个氨基酸残基沿螺旋中心轴上升0.15nm，旋转100°;3） α-螺旋结构的氢键形成;4) 螺旋体中所有氨基酸残基侧链都伸向外侧；链中的全部C=O和N-H几乎都平行于螺旋轴,氢键几乎平行于中心轴; 5）构成螺旋的每个Cα都取相同的二面角Φ、Ψ。 二面角 Φ=-57 Ψ=-48; 螺旋有几种结构;3、侧链在a-螺旋结构的影响：;* 带相同电荷的氨基酸残基连续出现在肽链上时，螺旋的稳定性降低。 (如Lys，或Asp，或Glu)，不能形成稳定的α—螺旋。如多聚Lys、多聚Glu;解释Pro 和Gly的影响 ：; 蛋白质中的α-螺旋几乎都是右手螺旋(右手螺旋比左手螺旋稳定),但在嗜热菌蛋白酶中有很短的一段左手α-螺旋, ;思 考 题; 思考题; 思考题; 思考题; 思考题;1、定义: β-折叠：两条或多条几乎完