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实验三利用Blast进行序列相似性比对
实验三：利用Blast进行序列相似性比对;具体步骤;以大麦Mlo基因（Z83834）为查询序列 (1) 用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序列？有多少条是禾本科中的？ (2) 换用megablast或discontiguous megablast，观察检索结果的改变。 (3) 尝试修改Blastn的参数，观测对检索结果的影响。 (4) 找出Mlo基因的编码蛋白序列，用Blastp检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用PSI-Blast检索到的同源序列是否有差别？ (5) 使用BlastX预测Mlo基因的编码蛋白。
用bl2seq分析大麦和小麦Mlo基因mRNA序列编码区和蛋白质产物的同源性;以大肠杆菌的胶原蛋白酶名称为pHK08_29的基因做为查询序列 (1) 用Blastn能在nr/nt数据库中检索到多少条与之同源的序列。其中大肠杆菌、弗累克斯讷氏杆菌、沙门氏菌各有多少条序列。
(2) 换用megablast或discontiguous megablast，观察检索结
果的改变。
(3) 尝试修???Blastn的参数，观测对检索结果的影响。
(4) 使用Blastx预测在Refseq_ protein数据库中检索到多少
条与之同源的序列。
用blast2分析YP_003683100与ADH70594、 YP_004926582、 YP_004925874、 YP_003273209、 YP_003646515、 YP_003514536、 ABP47302、 ADD45443、 ADW07065、 ADG78176、 ACY21316、 ABM16043、 EHP75935、 BAC74107、 YP间的相似性.
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