DH群体及其亲本数量性状分离软件用户手册课题.docVIP

DH群体及其亲本数量性状分离分析软件(SEA-DH )用户手册 一、软件简介 DH群体及其亲本数量性状分离分析软件(SEgregation Analysis-DH)是对植物数量性状遗传体系中DH群体及其亲本进行分离分析的软件，简称SEA-DH。 植物数量性状遗传体系是指控制植物数量性状的基因体系，其中控制植物数量性状的基因数目有多有少，各对基因的效应不同，而且其表现受环境的影响。效应大的基因在一般的试验条件下通过适当的方法可以检测出来，称之为主基因；效应小的基因在一般的试验条件下即便通过专门的技术，仍检测不出来，称之为微效基因或多基因。主基因与微基因或多基因是相对的。因而一个数量性状的遗传体系可能由主基因组成，也可能有多基因组成，还可能同时并存着主基因和多基因，即主基因加多基因组成。这后者可以看作为数量性状遗传体系的普遍情况，而前二者可看为后者的特殊情况。后者称为主基因和多基因混合遗传（mixed major gene and polygene inheritance），或主基因-多基因混合遗传（major-polygene mixed gene inheritance）、主基因-微基因混合遗传（major-minor gene mixed inheritance）。 了解植物数量性状遗传体系对于作物育种工作者具有重要的意义。如果一个数量性状由少数主基因控制，则一般可以采用主基因的育种方法，通过杂交、回交转移主基因；如果一个数量性状由多基因控制，则需通过轮回选择集中增效基因或通过聚合回交转移这一多基因性状；如果一个数量性状由主基因-多基因共同控制，则需明确主基因为主，还是多基因为主，以便采用相应的育种方法，若两者均很重要须进一步研究适用于主基因、多基因同时改良的育种方法。所以对植物数量性状遗传体系的研究，不仅具有遗传学上的理论意义，而且还有育种学上的实际意义。 SEA-DH包括两部分内容，一是DH单世代的分离分析（DH），二是P1、P2和DH三世代联合的分离分析（G3DH）。前者通过利用DH群体的表型数据对数量性状进行分离分析，但是不能鉴定出多基因的存在。只有加入同质群体P1、P2提供的试验误差方差后，才能鉴定多基因的存在并估算出其遗传效应，因此有必要对P1、P2和F2三世代联合分离分析进行研究，并编制相应的软件。 SEA-DH软件对DH单世代和P1、P2和DH三世代联合进行分离分析，既适用于数量性状的单个遗传模型，也适用所有的遗传模型，所涉及模型如表1所示。若遗传模型已知，在此情况下，用户可以采用与其匹配的单一模型进行遗传效应估计。当模型未知时，此时选择所有可能模型并计算出每个模型对应的结果，从中选择最优模型。无论是选择单一模型还是所有模型，计算结果均可保存为Excel表格形式。软件以Windows为界面，通过下拉选项和表格的方式与用户进行交互，整个操作流程只需要通过简单的鼠标点击即可完成。 本软件在Intel? Pentium 4 @ 3.40 GHz CPU、1GB内存计算机、中文Windows XP操作平台上，使用Microsoft Visual Studio 2010和C / C++ 开发完成。 表1 DH群体的数量性状遗传模型 主基因对数 模型 模型代号 多基因不存在 多基因存在 0 无主基因 0MG PG 无主基因 0MG PG-A 1 加性主基因 1MG-A MX-A 加性主基因 1MG-A MX-A-A 2 加性-上位性 2MG-AI MX2-AI 加性-上位性 2MG-AI MX2-AI-A 加性 2MG-A MX2-A-A 等加性 2MG-EA MX2-EA-A 显性上位 2MG- DominanceI MX2- DominanceI-A 隐性上位 2MG- RecessiveI MX2- RecessiveI-A 累加作用 2MG-Additive MX2- Additive-A 互补作用 2MG-Complementary MX2- Complementary-A 重叠作用 2MG-Duplicate MX2- Duplicate-A 抑制作用 2MG-Inhibiting MX2- Inhibiting-A 3 加性-上位性 3MG-AI MX3-AI 加性-上位性 3MG-AI MX3-AI-A 加性 3MG-A MX3-A-A 完全等加性 3MG-CEA MX3-CEA-A 部分等加性 3MG-PEA MX3-PEA-A 注: MG=major gene model , MX=mixed major gene and polygene model , PG=polygene model , A=additive effect, I=interaction (epistasis), E=equa