化学信息学的探索与思考研讨.docVIP

化学信息学的探索与思考 徐光宪 （北京大学化学学院） 1. 引言 1 2. 信息是什么？ 1 2.1. 宇宙究竟有多少要素？ 1 2.2. 狭义信息论 1 2.3. 信息超分子化学 1 2.4. 生物信息学 1 2.5. Tom Stonier[12－14]创建了物理信息学 1 2.6. 钟义信的信息定义 2 3. 本文对化学信息学的探索、几点思考和建议 1 3.1. 通讯必须有四个要素 1 3.2. 任何物质的微观粒子、宏观物体、宇观天体都有某种性质相异而互补的“互补配偶子（体）”，和性质相同的“竞争子”。这是物质的普遍属性，与对称性有密切关系。 1 3.3. “互补配偶子”之间有通讯，它们互为信源和信宿。“互补配偶子”之间都有某种相互作用，这就是它们互相联系的信道。它们通讯的目的就是互相吸引，组成高一级的粒子或高一级的动态平衡体系，这就是“信的”。 1 3.4. 信息的多种不同概念和定义的统一 2 3.5. 信息的定义： 3 3.6. 信息的分类： 3 3.7. 信息的“量”和“质” 的问题。 3 3.8. 信息和能量能否互相交换？ 4 3.9. 物理学和化学中早已建立了熵的概念，有无必要再引进信息概念？ 4 3.10. 信息的不守恒性，信息量的增减，进化与退化 5 引言 自从申农在1948年发表著名论文《通讯的数学理论》[][1]以来，信息概念已在人类知识的各个领域广泛应用，并提出几十个不同的定义。这些定义是如此之不同，以至提出“是否存在统一的信息理论？”的疑问，并因此在1999年召开了关于（The Quest for a Unified Theory of Information）的国际会议[][2]，但没有得出一致的结论。本文从化学角度探索化学信息学和信息化学这两个交叉学科。化学信息学用物理和化学的观点、理论、方法探讨信息科学问题，如能成立，将是信息科学的一个分支。信息科学可分为四大分支[] [3]：信息科学通论、自然信息科学、工程和技术信息科学、人文和社会信息科学。在自然信息科学下面，又可分为物理信息学、化学信息学、生物信息学、地理信息科学等 [][4]。信息化学用信息科学的理论和方法研究化学，使化学发展获得新视角、新概念、新理论、新方法，将是化学的一个分支。1971年S.Wold最早提出Chemometrics（化学计量学，也可翻译为信息分析化学），至今已有34年历史，应该是信息化学的一个分支。 最近出版了Gasteiger等著，梁逸曾等译的《化学信息学教程》和[][5]，其内容相当于本文的《信息化学》。为了尊重大家的习惯用法，我放弃《信息化学》的名称，把化学与信息科学的交叉学科合称为化学信息学，而把我建议的化学信息学的内容称为“基础化学信息学”，作为化学信息学的一个分支，以免与习惯用法发生矛盾。基础化学信息学是一个还很少研究的新领域。作者考虑基础化学信息学应探讨的问题有： 信息是什么？从物理和化学的视角，如何理解信息？如何定义信息？信息如何分类？这些观点如何与正统的信息科学兼容？信息的多种概念和定义，只有互相兼容，才能导致统一的信息理论。 信息的“量”和“质” 的问题。 信息和能量可以互相交换吗？ 原子、分子有没有信息？如有，可否把现在已知的8000万种分子（先选择其中有代表性的一部分），在宇宙标准状态（即恒星标准状态＝107K的等离子态），和地球标准状态（即298K和1大气压）的信息量计算出来，并研究分子信息量和分子反应性能的关系，从中总结规律。“可见宇宙”由75％H，23％He和2％其它化学元素组成，如果把这些化学元素在恒星标准态的信息量计算出来，是否可以估算可见宇宙的总信息量？这个问题将在另一篇文章中讨论。 信息是什么？ 宇宙究竟有多少要素？ 信息不是物质，因为信息没有质量。信息不是能量，因为信息不守恒。信息不是精神，因为信息先于精神。所以信息是宇宙四要素之一。宇宙究竟有多少要素？这是一个哲学命题。至少有四种回答： 一要素论：唯物论、唯心论、唯能论、唯信息论。美国著名资深物理学家惠勒[6－7]说：“在我研究物理学的一生中，它可以分为三个阶段：第一阶段我笃信万物由粒子构成；而我把第二阶段的信仰叫做万物由场构成。现在我深信万物由信息构成（Everything is information）。 二要素论：物质与精神。其中认为物质是第一性的，精神是第二性的，是辩证唯物论。罗先汉[8]提出物信论，认为宇宙的要素是（广义）物质和信息。 三要素论：物质 能量 信息 四要素论：场/能量 物质 信息 精神/意识 狭义信息论 信息是通讯系统中由信源发出，通过编码、信道、解码，由信宿接受的东西。信息是不守恒的，信息可以增益，也可以消灭。这个正统的信息概念 被称为狭义信息论[9]、[10]。 信息超分子化学