CO2和二类疏水蛋白之间的相互作用的建模和生理特性剖析.docVIP

CO2与二组疏水蛋白之间的相互作用的 建模和生理特性：原始喷涌机制的新发现 付 臣 译自ASBCJ-2012-0905-01 摘要：尽管普遍认同疏水蛋白和CO2是造成CO2饱和饮料的原始喷涌的原因，但是这个现象的生物分子机制并没有被很好的理解，在此疏水蛋白HFBII已经被生产、萃取和纯化，一个喷涌实验和DLS分析已经完成，并允许作者设计了一个MD模拟计划以研究CO2分子与HFBII之间的相互作用，结果预示CO2分子倾向于聚积在疏水蛋白的疏水补丁上能达到蛋白质其它区域的两倍，这就提出了这样一个用“纳米炸弹”的形成，阐明了原始喷涌机制的一定的化学和生理性质的模型。 关键词：CO2，喷涌，疏水蛋白，MD模拟，纳米气泡 导言 在受污染的象啤酒这样的含有CO2的饮料中，瓶装啤酒在开瓶时，不受控制脱气现象的科学描述，来自受霉菌污染的有机物质参与，以及涉及围绕在被加压的CO2周围的固体膜及大约100纳米（大气压力下气态CO2的临界直径）的球形气体结构的发现的假说，都是报道啤酒原始喷涌机制的基本陈述。 实际上，所有研究都是说了只言片语，只说原始喷涌的机制，但并没有解释喷涌机制的生理细节。先前的研究暗示溶解的气态CO2与疏水蛋白的疏水补丁有关，这个相互作用易受纯的疏水分子，例如不饱和脂肪酸和一些植物提取物如酒花油的存在的影响。 然而，纳米气泡形成的详细机制及关于在一个密闭的受污染的压力容器中发生了什么的原子假说构想仍然没有被阐明，这种纳米结构被定义为纳米炸弹，因为它们将在瓶打开时突然爆发，因此一个深入的物理化学研究被执行以研究在水溶液中气态的CO2存在下疏水蛋白的行为作用。一组疏水蛋白SC3 和同类型的二组疏水蛋白HFBI及HFBII是理解原始喷涌期间发生的纳米规模变更的基础事件，疏水蛋白聚集成纳米结构的弹性对阐明亲-疏水界面的特殊重新修整是必须的。再者，完全有必要理解在潜在污染剂存在的情况下，控制气态CO2在水溶液中溶解的物理法则，所以花费科学家25年的时间去完成一个解释液体中纳米球面结构逐步形成和瓦解的具体模型是可以理解的。 疏水蛋白是真菌引起的蛋白质（大约100个氨基酸，7-15kDa），通过它们能在疏-亲水界面如空气和水界面形成两性分子层的能力来定性的，基于在这个聚集层上的溶解度，疏水蛋白被分成两组，一组疏水蛋白能够组装进入蛋白质膜成为刚性膜，除非使用强酸否则很难溶于水中，相反二组疏水蛋白自己组装成一个单层弹性膜，它可以被试剂或使用压力解离。原始喷涌看起来主要与二组疏水蛋白有关，并且报道较低的数量(大约3 μg/L)就足以引起喷涌。 疏水蛋白的疏水补丁被猜想是造成和气态CO2相互作用，导致具有高弹性的疏水蛋白聚集形成膜而致稳定的气态CO2纳米气泡的形成的原因。为了理解这样一个机制，要求有一个计算技术的使用，基于经典的牛顿物理学法则，分子动力学模拟用于此研究以了解CO2分子与疏水蛋白HFBII之间在溶剂（水）中自由基键合倾向，总之，通过描述HFBII与分子气态CO2的密切关系，MD结果支持了此实验结果及存在纳米炸弹的假说。 实验 HFBII蛋白的生产 里氏木霉MUCL 44908在安装有搅拌器的1升的发酵桶中25℃发酵7天，含水的培养基由乳糖 (40.0 g/L)、蛋白胨(4.0 g/L)、酵母浸膏(1.0 g/L)、KH2PO4(4.0 g/L) 、(NH4)2SO4(2.8 g/L) 、MgSO2.7H2O(0.6 g/L)、CaCl2.2H2O(0.8 g/L)及含有FeO4.7H2O (0.5 g/L), CoCl2.6H2O (3.7 g/L)、MnSO4.H2O (1.6g /L) 和 ZnSO4.7H2O (1.4 g/L)的微量溶液(2 mL/L) 组成，用磷酸调节PH到4.5—5.0，最后菌丝体通过离心分离(8,000 × g 离心25 min），然后上清液在2℃下贮存直到将来的分析。 萃取步骤后，上清液泡沫分馏，泡沫用一个亲水的聚酯砜过滤器过滤，使用RP-LC 来源 15RPC色谱柱(4.6 × 200 mm）的液相色谱进行纯化，用线性梯度（从0至60%，50min）的乙晴以1 mL/min的流速进行洗脱，并在214nm下进行紫外检测，乙晴为含有0.1%三氟乙酸（TFA）的MilliQ水（millipore 公司 KH是亨利常数，KS是溶解常数，Ka1和Ka2代表碳酸的两个离解常数。 二氧化碳与水分子起化学反应形成碳酸，碳酸是不稳定的双质子酸，反应性明显促进了二氧化碳的溶解，溶解常数在25℃下等于1.7 × 10–3，但是H2CO3浓度取决于PH，在PH7.0情况下，80%的碳酸解离为HCO3–，在25℃下Ka1=6.4。为了获得大约7 g/L的CO2浓度，如亨利法则陈述的要施加压力提高CO2