草案的甜橙基因组剖析.docVIP

草案的甜橙基因组(类) 文摘 桔子是一种很重要的营养来源,人类健康和具有巨大的经济价值。在这里,我们提出一个综合分析基因组草案的甜橙(类)。装配序列覆盖87.3%的估计橙色基因组,这是相对紧凑,20%是由重复的元素。我们预测29445个蛋白编码基因,其中一半是杂合???状态。与其他两个柑橘类物种的测序和比较分析七个柑橘的基因组,我们目前的证据表明,甜橙起源于一个回交柚子和普通话之间的混合。集中在维生素C代谢相关基因分析表明,GalUR,编码galacturonate途径的限速酶,在橙果显著调节,这个基因家族的最近的扩张可能会提供一个基因组的基础。这个草案基因组代表一个宝贵的资源对于理解和改善在未来许多重要的柑橘类特征。 left 图1 图2 图1 图2 图3 图4 介绍 柑橘是一个大属,包括几个主要栽培品种,包括c .喹酮(甜橙),试(橘子和普通话),柠檬(柠檬),茅(柚子)和柑橘paradisi(葡萄柚)。2009年,全球种植面积是900万公顷,柑橘产量1.223亿吨(粮农组织统计,见url),这是排名最高的在所有的水果作物。1090万吨(价值?$93亿)柑橘产品的交易在2009年,甜橙占大约60%的柑橘生产新鲜水果和果汁加工消费(粮农组织统计,见url)。此外,柑橘类水果和果汁是人类的主要来源,维生素C、人类营养的一个重要组成部分。 柑橘类水果也有一些独特的植物特性,如珠心的embryony(珠心细胞可以发育成单性生殖的胚胎基因完全相同的母亲植物)。因此,体细胞胚胎的生长比合子的胚胎更大力的种子,种苗本质上是克隆母体的父母。这样citrus-unique特点阻碍了柑橘遗传和育种研究改进1,2。完整的基因组序列将提供有价值的遗传资源为提高柑橘作物。 柑橘被认为是原产于东南亚3,4,5,种植的水果作物发生在至少4000年前3,6。甜橙的遗传起源并不清楚,虽然有一些猜测,甜橙可能来自一些原始的柑橘类物种的种间杂交7,8。柑橘也无患子目的顺序,一个妹妹Malvidae Brassicales秩序,使其有价值的比较基因组学研究的模式植物拟南芥。 我们旨在序列的基因组瓦伦西亚甜橙(c . sinensis简历。瓦伦西亚),其中一个最重要的全球甜橙品种培育和种植主要为橙汁生产。普通甜橙二倍体,估计九对染色体基因组的大小~ 367 Mb9。降低测序基因组的复杂性,我们获得了双单倍体(dihaploid)来自瓦伦西亚甜橙的花药培养10。我们首先生成的全基因组鸟枪paired-end-tag读取从dihaploid基因组DNA序列,建立了一个新创作为柑橘参考基因组组装;然后我们产生鸟枪测序读从父母的二倍体DNA和单倍体的参考基因组的序列映射到瓦伦西亚甜橙获得完整的基因组信息。此外,我们进行了全面的转录组测序分析四个代表组织使用猎枪RNA序列(RNA-Seq)来捕获所有转录序列和paired-end-tag RNA序列(RNA-PET)划分的5′和3′末端的成绩单。DNA和RNA序列数据的基础上,我们橙色基因组的基因特征内容,杂合性和演化特性。基因组和转录组分析提出研究收益率甜橙的起源的新见解和维生素C的基因基础代谢和提供丰富的资源为柑橘育种和遗传改良的遗传信息。 结果 基因组测序和组装 dihaploid DNA的甜橙(补充图17.85亿),我们生成高质量paired-end-tag测序读(2×100个基点)从不同的DNA片段大小(~ 300个基点,2 kb,10 kb和20 kb)使用Illumina公司GAII编曲,碱基对覆盖率和代表214倍214倍的物理覆盖估计柑桔基因组(补充表1)。顺序读取被SOAPdenovo组装11和歌剧12,导致16890年组装序列重叠群(obasanjo 49.89 kb)和4811支架(obasanjo 1.69 Mb)(表1)。总叠连群序列长度(320.5 Mb)涵盖了估计甜橙基因组的87.3%,超过135年80%的基因组组装支架大于713 kb和8.2 Mb。评估柑桔基因组组装的准确性,我们评估质量支架的BAC克隆分析,对准既定的柑橘遗传连锁图和细胞遗传学分析. 表1:统计的甜橙基因组草案 基因组大小的估计 367 MB 染色体数目(2 n) 18 总装配重叠群的大小 320.5 Mb 多的重叠群( 500个基点) 16890年 最大重叠群 323.34 kb obasanjo长度(重叠群) 49.89 kb 支架( 500个基点) 4811年 组装支架的总大小 301.02 Mb obasanjo长度(支架) 1.69 MB 最长的脚手架 8.16 MB GC含量 34.06% 数量的基因模型 29445/44387 意味着