三大基因组特点概述详解.ppt

图5-19 染色体上共同遗传的SNP组合。 图中SNP1和SNP2在同一条染色体上而且距离很近，SNP1有等位位点A和G，SNP2有等位位点G和T。因此，染色体对有两种可能的SNP组合。 据估计，人类DNA中每300-1000个碱基对就有一个SNP，因此，一个人类个体大约携带300万-1000万个SNPs。人类可遗传的变异中最常见的一种，SNP成为第三代遗传标志。 人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。 　　现在普遍认为SNP研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。这主要是因为SNP将提供一个强有力的工具，用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。 从Y染色体解析东亚人群历史 GWAS 全基因组关联研究（Genome Wide Association Studies,GWAS） 在患者全基因组范围内检测出的SNP位点与对照组进行比较，找出所有的变异等位基因频率，从而避免了像候选基因策略一样需要预先假设致病基因。 SNP的检测技术 通过DNA测序法获得新的SNP。 基因分型（genotyping）是指利用数据库中已有的SNP进行特定人群的序列和发生频率的研究，主要包括基因芯片技术、Taqman技术、分子信标（molecular beacons）技术和焦磷酸测序法（pyrosequencing）等。 1．基因芯片技术 通过优化芯片杂交程序，使探针只与完全互补的序列杂交而不与含有单个错配碱基的序列杂交。 优点是高通量，一次可对多个SNP进行规模性筛选，被检起始材料也很少，操作步骤简单。 缺点是芯片设计成本高。而且，由于DNA样品的复杂性，有些SNP不能被检测。 2．Taqman技术 PCR反应系统中加入2种不同荧光标记的分别与两个等位基因配对的探针。随着PCR的进行，与模板完全配对的探针逐步被Taq DNA聚合酶的5’→3’外切活性所切割，荧光基团与3’端的淬灭基团分离，荧光基团被激活。不完全配对的探针（代表另一种等位基因）不能被有效切割，供体荧光基团依然被淬灭。 3．分子信标（molecular beacon）技术 是一种呈茎环结构的荧光标记的寡核苷酸，环状区与靶序列特异性结合，茎干区由5-8个碱基对组成，5’端带有荧光发生基团，3’端带有荧光淬灭基团。自由状态时，分子信标呈发卡式结构，荧光几乎完全淬灭。与靶分子相结合时，荧光基团和淬灭基团之间的距离增大，分子信标的荧光恢复。 Taqman技术（上）及分子信标技术（下）原理示意图。 C-value enigma In 1948, Roger and Colette Vendrely reported a remarkable constancy in the nuclear DNA content of all the cells in all the individuals within a given animal species (Swift 1950) C-value paradox: genome size does not reflect gene number in eukaryotes (Thomas 1971) the C-value enigma relates to the issue of variation in the amount of non-coding DNA found within the genomes of different eukaryotes. (Ryan Gregory 2000/2001 ) Type of DNA % of Genome Features Single-copy (unique) ~75% Includes most genes 1 Repetitive Interspersed ~15% Interspersed throughout genome between and within genes; includes Alu sequences 2 Satellite (tandem) ~10% Highly repeated, VNTRs 2 Alu sequences are about 300 bp in length and are repeated about 300,000 times in the