合成生物学第五小组详解.pptVIP

元件 装置 合成生物学的产生与发展 什么是合成生物学？ 定义：按照一定的规律和已有的生物知识设计和建造新的生物元件，装置和系统，或重新设计已有的天然生物系统为人类的特殊目的服务 波兰遗传学家的预言：一直以来我们都在做分子生物学描述的一面，但当我们进入合成生物学的阶段，真正的挑战才要开始。我们会设计新的调控元素并将新的分子加入已存在的基因组内，甚至构建一个全新的基因组。这将是一个拥有无限的潜力的领域，几乎没有任何事能限制我们去做一个更好的控制回路。最终将会有合成的有机生命体出现。 1980年，第一篇以合成生物学为标题的论文《基因外科手术：站在合成生物学的门槛》发表 2000年，合成生物学快速发展，人工合成了开关，级联，脉冲发生器，延时电路，振荡器等多种基因线路，可以有效的调节表达，蛋白质功能，细胞代谢或细胞与细胞相互作用。 2003年，MIT成立了标准生物元件登记处，专门收集各种满足标准化条件的生物模块，全世界的科学家都可以提交自己的标准生物元件。 2004年“合成生物学”被美国MIT出版的technology review评为将改变世界的十大新发现的技术之一。 ………… 合成生物学的层次化结构设计 生物元件 装置 系统 生物元件 生物元件是具有特定功能的氨基酸或核苷酸序列。 Example：启动子，终止子，转录单元，质粒骨架，结合转移元件，转座子，蛋白质编码区等DNA序列；核糖体结合位点RBS等RNA序列 以及蛋白质结构域 生物装置 生物装置是具有一定生物学功能，并且能够为外源物质所控制的一串DNA序列。 基本的生物装置： 报告基因，常与启动子，终止子等组合用于验证启动子，终止子的结构组成与效率。 转换器，在接受到某种信号时停止下游的转录，未收到信号时开启下游基因的转录，是遗传装置。 信号转导装置，环境与细胞之间或者临近细胞与细胞之间接收信号和传递信号的装置。 蛋白质生成机制，产生具有一定功能蛋白质的装置 生物系统 生物装置通过串联，反馈等方式连接组装成更加复杂的级联线路或者调控网络。 转录水平的调控系统是最简单的形式(核苷酸序列直接决定了相互作用的特异性） 细胞群体与多细胞系统 具有群体效应的微生物能够分泌一种或多种自诱导剂的信号分子，微生物通过感知胞外的这些在诱导剂来判断菌群密度和周围环境变化，当菌群数表达一定的阀值后，启动相应一系列基因的调节表达，以调节菌体的群体行为。 例如：海洋费氏弧菌的发光现象（菌体密度与发光正相关） 生物模块的标准化 把各种基因元件标准化，模块化，使人们也可以如搭积木一样构建及因线路，设计和创造新途径，新系统。 优势： 降低了合成生物系统的复杂度，使实验设计简单化。 使不同功能的元件和不同公司的产品能够方便地集成，生产更加可靠的产品。 缩短合成复杂生物装置或者生命系统所需要的时间。 DNA元件与装置 DNA元件是指具有特定功能的脱氧核苷酸序列。利用合成生物学技术，可以将DNA元件与其他元件或模块连接组成能够行使生物特定功能的DNA装置。目前，几种主要的DNA元件有启动子、终止子等。由此组成的DNA装置主要有双稳态开关和基因振荡器。 两种主要的DNA元件：启动子和终止子 启动子 *定义：启动子是操纵子的一部分，是能够特异性地与RNA聚合酶识别和结合并决定转录从何处起始的DNA序列。 *功能：主要控制基因转录的起始时间和表达的强度。 *分类：按照作用方式和功能可以分为3类：组成型启动子、诱导性启动子和组织特异性启动子。 （1）在组成型启动子的控制下，结构基因的表达大体恒定在一定水平上，并且无需诱导剂便可启动下游基因的表达。 两种主要的DNA元件：启动子和终止子 （2）诱导性启动子，可以在物理或化学因子的刺激下，大幅度提高基因的转录水平，但只能宏观调控基因表达，遵守全或无定律。 （3）组织特异型启动子调控下的基因往往只在某些特定的器官或组织部位表达，并表现出发育调节的特性。 通过选择不同启动子或调节启动子强度控制基因表达是合成生物学常用的调控和优化方法。 两种主要的DNA元件：启动子和终止子 终止子 *定义：终止子是给予RNA聚合酶转录停止信号的DNA序列。 *结构特征：所有原核生物的终止子在转录终止点前有一段回文序列，它转录出来的RNA可以形成茎环式的发夹结构。 *分类：按照其作用是否需要蛋白质因子的辅助分为两类：一类不依赖蛋白质辅助因子