酶与蛋白质工程第8章蛋白质组学解读.ppt

第八讲 蛋白质组学 基因组和蛋白质组有什么联系？ 什么是蛋白质组？  蛋白质组研究有什么益处 蛋白质组的研究能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径 如，通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志 1975年 双向凝胶电泳技术 1986年 第一个蛋白质序列数据库-SWISS PROT 1997年 出版了第一部蛋白质组学专著 2000年 发表一个生物体的完整蛋白质组 组成蛋白质组: 一个细胞或组织、机体中所有蛋白质的时空表达状况分析 功能蛋白质组: 蛋白质的细胞定位、蛋白酶的活性、蛋白质与蛋白质相互作用的连锁关系，及其由此实现的信号传递与调控作用 二维凝胶电泳技术 (2DE) 又称双向电泳，蛋白质组学研究中的核心技术之一，是能够连续在一块胶上分离数千种蛋白质的方法 完整的双向凝胶电泳分析，包括：样品制备、等电聚焦、平衡转移、SDS PAGE斑点染色、图像捕捉和图谱分析等步骤 存在问题 分子量较小和较大蛋白质的分析； 低含量蛋白质的分析； 变性后分离不能反映原始状态； 手工操作较多、经验性强、可重复性差 蛋白质鉴定—质谱鉴定技术 (MS) 基质辅助激光解析电离质谱(MALDI MS):利用基质吸收激光的能量使得固相的多肽样品离子化 电喷雾电离质谱(ESI MS):在喷射过程中利用电场完成多肽样品的离子化 多维液相色谱-质谱技术 ICAT技术(isotopecoded affinity tags, ICAT) 采用同位素标记多肽或蛋白质亲和标签 可以较准确鉴定不同状态细胞或组织中差异表达的蛋白质 ICAT原理 蛋白质相互作用分析—酵母双杂交技术 一种在细胞内检测蛋白质之间相互作用的技术，无需分离纯化蛋白质，是实现大规模高通量分析的主要方法 分析蛋白质之间的相互作用及其方式，认识与特定生理活动相关的蛋白质网络，绘制出蛋白质相互作用图谱 (interaction mapping） 存在问题： 假阳性和假阴性发生率高 对于不能进入核内的蛋白质(如分泌蛋白、膜蛋白)和存在比较复杂的翻译后修饰作用的高等生物蛋白质，该技术尚不适用 蛋白芯片或微阵列 蛋白芯片技术大多数是在玻璃板或膜上对蛋白或抗体进行排列 缺陷：很难或不可能对翻译后修饰进行分析，而翻译后修饰对于大多数疾病又很关键 蛋白质芯片的研究意义 蛋白质是基因表达的最终产物, 接近生命活动的物质层面； 探针蛋白特异性高、亲和力强, 可简化样品前处理，甚至可直接利用生物材料(血样、尿样、细胞及组织等)进行检测； 适合高通量筛选与靶蛋白作用的化合物； 有助于了解药物或毒物与其效应相关蛋白质的相互作用 数据库 生物信息学已经成为当代生物学和医药学的组成部分,用于巨量生物信息资源的收集、存储、处理、搜索、共享、服务、研究和开发 由数据库、计算机网络和应用软件三大部分组成 ⑴ 蛋白质氨基酸序列(sequence)数据库 常用的有PIR、SWISS PROT、TrEMBL、GenPept等 其中PIR (protein Information Resource)和SWISS PROT是常用的两大序列数据库 ⑶ 蛋白质高级结构及分类数据库 常用的有PDB、SWISS MODEL、NRL3D、BioMagRes Bank、MMDB、SCOP、CATH等 PDB (Protein Data Bank)，收录有蛋白质原子座标、晶体结构和核磁共振数据、一级和二级结构信息及相关文献引用 ⑷ 蛋白质2DE图谱数据库 包括SWEISS PROT 2DE PAGE、SEINA 2DE PAGE等综合性2DE数据库和不同生物、不同器官、组织、细胞的专一性2DE数据库 2. 工具软件 ⑴ 蛋白质双向电泳图谱分析软件: Geneva Bioinformatics提供软件包Melanie4 美国Proteome Works公司商用软件包PDQuest 6.1 英国公司Nonlinear Dynamics Ltd.软件包Progenesis ⑵ 蛋白质鉴定工具 蛋白质的鉴定，需要利用实验得到数据，通过相关算法与程序，进行已知蛋白质数据库的搜索比对来完成 分为氨基酸组成比对、肽片段质量比对和部分肽段序列比对三类。常用的有PeptIdent、SEQUEST、MultiIdent等 1. 疾病的蛋白质组研究 通过测定体液和组织的蛋白质组, 寻找特异疾病的生物标记，即疾病特异性蛋白(disease specific proteins,