精品分子进化与相关软件的应用-定课件.ppt

分子进化分析与相关分析软件的应用 生命科学学院 2005.4 内容提要 分子进化分析介绍 系统发育树重建方法 Phylip软件包在分子进化分析中的应用 PAUP*在分子进化分析中的应用 内容提要 分子进化分析介绍 系统发育树重建方法 Phylip软件包在分子进化分析中的应用 PAUP*在分子进化分析中的应用 分子进化研究的目的 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 蛋白和核酸序列 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。 分子进化研究的基础（假设） 核苷酸和氨基酸序列中含有生物进化历史的全部信息。 分子进化研究的基础（理论） 在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中，许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。（分子钟理论， 1965 ） 分子进化研究的基础（实际） 虽然很多时候仍然存在争议，但是分子进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。 分子钟理论 直系同源(orthologs): 同源的基因是由于共同的祖先基因进化而产生的. 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由于基因复制产生的. (以上定义源自Fitch, W.M. (1970) Distinguishing homologous from analogous proteins. Syst. Zool.