05_蛋白质结构与功能分析_2014-1.ppt

结构域分析实例 点击图片，选择不同的分析模式，“Normal”或“Genomic”； 输入待分析的蛋白质序列； 可勾选“PFAM domain” 点击“sequence SMART” 解读结果。 5.2.2 蛋白质的模式检索 通过对大量已知其功能的蛋白质序列的分析比较，已经发现了一些与蛋白质的特定功能或修饰位点相关的模式（pattern）化的序列。 模式序列可以是修饰位点，如酪氨酸蛋白激酶修饰位点；也可以是模体（motif）结构，如亮氨酸拉链的模式序列为“L-x(6)- L-x(6)- L-x(6)-L”，即每间隔六个任意的残基出现1个亮氨酸残基。 因此，对未知功能的蛋白质序列进行模式检索，对于发现该序列可能存在的活性或功能位点，从而揭示该蛋白质的功能具有十分重要的意义。 目前，网络上已有许多资源提供此类检索服务，其鉴定原理主要是基于一致性序列匹配模式或蛋白质序列结构特征谱模式。 NPS@系统主要为用户提供三种不同的模式检索程序： PATTINPROT —— 以一种或几种模式对用户提交的蛋白质序列或数据库序列进行模式检索分析。 PRO SCAN —— 根据PROSITE数据库，检索用户提交的蛋白质序列的功能位点或标签。 InterPro Scan —— 根据综合性模式数据库InterPro，检索用户提交的蛋白质序列的标签。 Expasy系统提供的检索程序为ScanProsite：