构巢曲霉基因组研究.pptxVIP

构巢曲霉基因组中次级代谢产物生物合成基因簇及异源表达系统的最新研究进展及应用 第二组 常磊、黄文秀、王艳、唐瑶Part 1构巢曲霉次级代谢产物生物合成基因和基因簇的全面阐述构巢曲霉Aspergillus nidulans形态特征及分布构巢曲霉，属半知菌亚门、丝孢纲、丝孢目、丛梗孢科、曲霉属的一种真菌，拉丁名称为Aspergillus nidulans分生孢子柄较短(75～100μm)、弯曲，近顶囊处直径3.5～5.0μm，褐色，表面光滑。分生孢子头短柱形，(40～80)μm×(25～40)μm。顶囊半球形，直径8～10μm，其上有梗基和小梗各一层。小梗上着生圆而粗糙的分生孢子，直径3.0～3.5μm。有性阶段形成球形、暗紫红色闭囊壳，直径135～150μm，外包一层淡黄色、球形、厚壁的壳细胞。子囊孢子双凸镜形、紫红色，5μm×4μm，上有鸡冠状突起。菌落生长快，圆形、绿色、绒状，当产生大量闭囊壳时呈黄褐色，背面紫红色。分布于粮食、土壤和空气中。研究背景丝状真菌的一个重要特征是能够产生次级代谢产物，因此研究真菌的次级代谢也就成为对基因簇研究的而一个拓展。基因测序的最新进展表明真菌基因组拥有远远多于在实验室常规条件下表达次级代谢产物的基因簇。这些沉默的基因簇对我们研究其次生代谢物来说是个巨大挑战，然而我们已经使用了很多方法来尝试激活它们。丝状真菌的次级代谢产物是很有效的化合物，从这些致命的毒素中分离出的抗生素具有潜在的抗癌作用。丝状真菌在药物的发现和发展史上扮演着重要的角色，比如抗生素有青霉素，免疫抑制剂有环孢菌素，抗真菌剂有灰黄霉素和棘白菌素，降血脂药有洛伐他丁都来源于丝状真菌。许多有生物活性的次级代谢产物在常规实验条件下容易获得，并且已经获得了药物开发专利。研究现状目前，多个曲霉基因组序列已被确定，并且提出了大量有关预测次级代谢产物的信息。序列分析基因超表达的策略已被用来发现新的次级代谢产物以及相关生物合成的基因。曲霉基因数据库AspGD为曲霉物种的基因注释和蛋白质信息提供了一个中央数据储存库，基因注释包括基因本体论、表型数据分析、基因名称及说明，这些大量的数据可以帮助我们设计新的实验从而进一步开展研究。在多种曲霉中，如黑曲霉、米曲霉、黄曲霉等，构巢曲霉作为模式生物，具有基因信息量小、容易操作、毒性小、实验室条件下容易培养等优良条件，并且具有大量的文献作为支撑，因此通过构巢曲霉异源表达系统来研究其它丝状真菌次生代谢是非常理想的。研究方法基因本体（ Gene Ontology ，GO）：是一个在生物信息学领域中广泛使用的本体。它是一个词汇表，具有树形结构，可以电脑操作和动态搜索。GO涉及的基因和基因产物词汇分为三大类，涵盖生物学的三个方面：① 细胞组件（Cellular Component）:指基因产物位于何种细胞器或基因产物组中（如糙面内质网、核糖体、蛋白酶体等），即基因产物在什么地方起作用。② 分子功能（Molecular Function）：描述在个体分子生物学水平上的活性。如催化活性或结合活性。③ 生物学过程（Biological Ptocess）：指由分子功能有序地组成的，具有多个步骤的一个过程。为什么要建立Gene Ontology ?A.解决生物学定义混乱的现象，使各种数据库中基因产物功能描述相一致B.使得在不同生物数据库中的查询具有极高的一致性C.允许在各种水平查询基因产物的特性GO（gene ontology）对大家而言也许会是一个相对陌生的名词，但是它已经成为生物信息领域中一个极为重要的方法和工具，并正在逐步改变着我们对biological data的组织和理解方式，它的存在已经大大加快了我们对所拥有的生物数据的整合和利用，我们应该逐步学会理解和掌握这种思想和工具。语义之间的关系is a , part of , regulates语义关系之间的推导线粒体胞内细胞器细胞器线粒体细胞细胞质is a · is a is a part of · part of part of 语义关系之间的推导 part of · is apart of 与is a · part ofpart of 基因产物的注释基因组注释： (Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释，是当前功能基因组学研究的一个热点。由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注释注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物过程，定位等注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间的联系的证据GO的应用GO的局限性：①、GO不是基因序列或基因产物数据库，相反的，GO强调基因产物在细胞中的功能。②、GO不能反映此基因的表达情况用于基因组分析用于基因表达