NCBI检索.doc

NCBI的检索 NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务（详见本章第四节）、匿名FTP服务。第四部分是NCBI的其它资源。 GenBank的检索 在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”，即可进入GenBank的检索屏幕。NCBI提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS检索和文本检索(Text Searching)。 一、Entrez浏览检索 1.Entrez检索的数据库及其检索信息 Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。 (1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列； (2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列； (3) 基因和染色体图像数据； (4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构； (5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。 2.Entrez检索功能 Entrez提供了以下三种检索功能。 (1)自由词检索功能 用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。 (2)索引词表(List Terms)检索功能 索引词表检索是当你键入检索词，Entrez在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。例如：在输入框中键入“P53”，选择文本字段(Text Words)和索引词表(List Terms)检索功能，再点击“Search”，这时返回一个以“P53”开始的索引词表窗口，浏览选择一个或几个索引词，点击“Search”，Entrez将返回检索结果。 (3)自动检索功能 自动检索功能就是Entrez浏览器根据用户输入的检索式自动进行检索，返回当前检索式检出的文献数，如满意，可进一步取得检索结果，如不满意，则可对当前检索式进行修改，直到用户满意为此。例如在输入框键入“P53”，选择所有字段和自动检索功能，点击“Search”，Entrez返回一个Web页，包括当前检出文献数、加词检索和修改当前检索三个部分。如果你对检出文献数不满意（过多或过少），可以在加词检索部分增加更专指的检索词，以提高查准率，也可以在修改当前检索部分选择某一布尔算符(AND、OR、NOT、ANDNOT)，对当前的检索策略进行修改，直到你满意为止。 对于检出文献，用户可以选择浏览格式进行浏览，也可以打印或存盘。 3 Entrez检索规则 (1)Entrez支持“*”号截词检索； (2)Entrez对你键入的词可以进行逻辑识别。例如：键入“Lipman DJ Genomics”，Entrez将它识别为作者的姓名Lipman DJ和自由词Genomics，并将提问式转换为“Lipman DJ”AND Genomics。对于Entrez不能识别的提问式，如 bac 1，必须加双引号，系统就会将它们作为一个词进行检索； (3)Entrez支持复杂的布尔逻辑检索； (4)Entrez支持限定字段检索； 字段标识符的全称如下： WORD=Text Word, TITL=Title Word, MESH=Mesh Term, MAJR=MeSH Major Topic, AUTH=Author Name, JOUR=Journal Name, ECNO=EC/RN Number, GENE=Gene Name, DATE=Publication Year, PDAT=Publication/Creation Date, MDAT=Modification Date, PAGE=First Page, VOL=Volume, KYWD=Keyword, ORGN=Organism, ACCN=Accession Number, PROT=Protein Name, SUBS=Substance,PROP=Property, FKEY=Feature Key 和 P