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延迟效应重构网络算法研究 　　摘 要： 大量调控网络重构的模型和方法被研究，但是数据大小对算法精度的影响问题涉及很少。通过研究数据尺寸大小对延迟信息论方法构建基因调控网络精度的影响，表明基因调控网络构建的精度会在一定数据尺寸规模下达到一个稳态。为了克服互信息的一些缺点，引入了多时延互信息值计算两个基因之间的调控关系，构建的基因调控网络取得了很好的查全率和查准率。并用真实的生物分子网络进行测试，实验表明，基于多时延的策略在构建基因调控网络中扮演了一个重要角色。 　　关键词： 延迟效应； 网络重构； 信息论； 基因表达数据 　　中图分类号： TN711?34 文献标识码： A 文章编号： 1004?373X（2015）17?0124?03 　　Research on network construction algorithm with delayed effect 　　LIU Fei 　　（Institute of Physics and Optoelectronics Technology， Baoji University of Arts and Science， Baoji 721016， China） 　　Abstract： Since a large number of models and methods of gene regulatory network （GRN） construction have been studied， the problem of data size influencing on the accuracy of the algorithm involved little. Data size influencing on the accuracy of GRN constructed by delayed information theory is studied. The experimental results show that the accuracy the GRN construction can reach the steady state in a certain data size. To overcome some defects of mutual information， the mutual information value with multi?delay is introduced to calculate the regulatory relations between two genes. The constructed GRN obtained better recall ratio and precision ratio. The actual biology molecular network is tested. The experimental results verify that the multi?delay scheme plays an important role in constructing GRN. 　　Keywords： delayed effect； network reconfiguration； information theory； gene expression data 　　0 引 言 　　基因调控网络（Gene Regulatory Network，GRN）是目前生物信息学研究的一个热门领域。GRN的构建对揭示基因功能，解析基因间的相互作用，理解支配基因表达，认识生命活动的规律和一些疾病发病机理和相关药物设计上有很重要的意义。大量基因调控网络的构建方法被提出，如：动态的贝叶斯网络[1]、偏微分方程模型[2]、信息论模型[3]、统计回归模型等。文献[4]首次提出了动态贝叶斯网络的概念，用它来分析构建GRN发现基因之间存在着一定的时延调控，一些研究还表明，不同的基因之间存在不同的时延调控。本文首先研究了基因时序数据尺寸大小对网络构建精度的影响，使其在最小的数据尺寸下得出最大的网络构建精度，以此来降低算法的时间和空间复杂度。其次，研究采用多时延的策略，用互信息和延时的互信息方法构建基因调控网络，结果显示延时的互信息方法对构建基因调控网络在精度上有明显的提高。 　　1 实验数据集和理论方法 　　本文基因数据来自文献[5]，其实验数据提供了完整的酵母细胞周期基因表达数据，数据包含了elutriation，alpha?factor，cdc28和cdc15四种时序表达基因数据，它们分别有14，18，17和24个时间点，其中alpha?factor数据集的时间点比cdc28和elutriat