不结球白菜BcGAPDH的生物信息学分析.docVIP

不结球白菜BcGAPDH的生物信息学分析 　　摘要：采用生物信息学方法对克隆测序的不结球白菜（Brassica campestris ssp. chinensis）BcGAPDH （3-磷酸甘油醛脱氢酶）蛋白质的理化性质、跨膜区、亲水性、亚细胞定位、所含模体及蛋白质结构进行了预测。理化性质分析表明，该酶含有328个氨基酸，相对分子量为35 161.2，pI值为9.03。TMpred跨膜分析表明，该酶没有跨膜螺旋区，这与ProtScale预测的该酶为亲水性蛋白质相吻合。用Target P server程序预测该酶定位于线粒体上，结构域分析表明该酶含有多种磷酸化位点，二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。借助SWISS-MODEL软件对该酶进行了三维同源建模。 　　关键词：不结球白菜（Brassica campestris ssp. chinensis）；BcGAPDH；生物信息学 　　中图分类号：S634.3 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2016）11-2917-04 　　DOI：10.14088/ki.issn0439-8114.2016.11.053 　　三磷酸甘油醛脱氢酶（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase，GAPDH）一直被作为糖酵解过程的重要角色来研究，在糖酵解和糖异生过程中是关键酶，参与糖酵解过程中第一个ATP的形成[1]，使3-磷酸甘油醛转变为1，3-二磷酸甘油醛。该酶在生物体中高效表达，且通常作为一种模式蛋白质用于蛋白质和酶的分析，也可以用作研究基因表达量的内在对照。 　　作为一个含量丰富的胞内蛋白质，GAPDH成为一个实用模型，用于研究酶作用机制以及氨基酸序列与蛋白质结构的相互关系。随着分子技术的发展，被认定为“看家基因”的GAPDH又提供了一个基因分析的模型，用于研究细胞组成和遗传信息的表达。经过一系列的研究，特别是近10年的快速进展，已经表明GAPDH不是一个纯粹简单的糖酵解蛋白质，它还具有以下生理功能[2-8]：①膜融合，抑制GAPDH活性后能明显抑制有丝分裂后期的核膜组装，而再加入有活性的GAPDH后，核膜组装修复；②囊泡运输，参与囊泡转运，且与其糖酵解功能无关；③蛋白磷酸转移酶的分子伴侣，为转移抑制基因nm23-H1的特异分子伴侣；④DNA修复，GAPDH的37 KDa亚基与胎盘提取的尿嘧啶DNA糖基化酶（UDG）具有同样的DNA修复活性；⑤其他功能，具有转录调节活性，调节RNA的核输出，介导微管的相互作用，转铁蛋白质的活性等。 　　目前，许多植物的GAPDH基因均已被克隆，但是关于其酶蛋白分子的结构和功能的进一步研究鲜见报道。本试验采用生物信息学方法对已克隆测序的不结球白菜（Brassica campestris ssp. chinensis）BcGAPDH（3-磷酸甘油醛脱氢酶）蛋白质的理化性质、跨膜区、亲水性、亚细胞定位、所含模体及蛋白质结构进行了预测，为进一步研究该蛋白质提供参考。 　　1 材料和方法 　　1.1 材料 　　以南京农业大学园艺学院白菜课题组克隆测序的不结球白菜3-磷酸甘油醛脱氢酶（BcGAPDH）基因相关数据为研究对象，其DDBJ登录号为AB331373。 　　1.2 方法 　　利用ProtParam分析蛋白质的理化性质[9]；利用TMpred、PHDhtm和ANTHEPROT软件分析蛋白质的跨膜区域[10]；利用ProtScale分析蛋白质的亲水性[9]；采用SignalP v3.0进行信号肽分析[10]；分别利用Target P server（http：//www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/）、Subloc V server（http：//www.bioinfo.tsinghua. /SubLoc/eu-predict.htm）和WOLFPSORT server（http：//psort.nibb.ac.jp）预测蛋白质的亚细胞定位情况；利用在线软件ScanProsite（http：///cgi-bin/prosite/ScanView）分析蛋白质所含模体；蛋白质二级结构预测和三维建模分别使用在线软件SOPMA（http：//npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_sopma.pl）和SWISS-MODEL完成[11]。 　　2 结果与分析 　　2.1 不结球白菜BcGAPDH蛋白质理化性质分析 　　对不结球白菜BcGAPDH氨基酸序列的理化性质进行分析，结果表明，该酶含有328个氨基酸，总相对分子量为35 161.2，理论等电点pI值为9.03，负电荷氨基酸（Asp+Glu） 37个，正电荷氨基酸（Arg+Lys）36