实习四多序列比对(Multiplealignment).docVIP

实习四： 多序列比对（Multiple alignment） 学号 姓名 专业年级 实验时间 提交报告时间 实验目的： 1. 学会利用MegAlign进行多条序列比对 2. 学会使用ClustalX、MUSCLE 和T-COFFEE进行多条序列比对分析 3. 学会使用HMMER进行HMM模型构建，数据库搜索和序列比对 实验内容： 多序列比对是将多条序列同时比对，使尽可能多的相同（或相似）字符出现在同一列中。多序列比对的目标是发现多条序列的共性。如果说序列两两比对主要用于建立两条序列的同源关系，从而推测它们的结构和功能，那么，同时比对多条序列对于研究分子结构、功能及进化关系更为有用。例如，某些在生物学上有重要意义的相似区域只能通过将多个序列同时比对才能识别。只有在多序列比之后，才能发现与结构域或功能相关的保守序列片段，而两两序列比对是无法满足这样的要求的。多序列比对对于系统发育分析、蛋白质家族成员鉴定、蛋白质结构预测、保守模块的搜寻以及PCR引物设计等具有非常重要的作用。 作业： 1.Align the orthologous nucleotide and protein sequences from 5 organisms you found from first practice with MegAlign. Describe the sequences you used the title of each sequence , explain whether the phylogenetic tree is consistent with the species tree from NCBI taxonomy database. Set the alignment report to show consensus strength and decorate the residues different from consensus with green shade. Hint: use the taxonomy common tree from NCBI to get the evolutionary relationship among the organisms. Save your organism name in a text file with each organism name in a line, and upload the file, choose Add from file, and you will see the relationship among the specified organisms /Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgi Hint 2：Change the accession number in your fasta or genPept format sequence file to organism name, so that the phylogenetic tree can be easily understood. 方法与结果： 打开Megalign，选择FILE下的Enter sequence ，打开之前保存的来自于五个物种的蛋白 或核酸 序列； 首先选择打分矩阵，点击“Align”，选择Set residue Weight Table 选择矩阵：PAM100 核酸则设为weighted ，通过“method parameters”查看参数，使用Clustal V的默认值； 其次进行序列的比对，选择Align下的“by Clustal V Method”开始比对， 再次待其结束后，进行比对结果的显示，选择view下的“Phylogenetic Tree”，显示出树形图；（图）与NCBI上找到的树形图进行对比（图）； 接下来点击View 下的“Alignment reports ”，选择OPTIONS下的“Alignment report contents”勾中“show consensus strength”,即在序列中显示出相似性条块；在OPTIONS下选择“New decorations”对decoration parameters 下选“shade—residues differing from—the consensus”把字符选择现实的颜色为绿色，结果显示如下：（图） 同法可以得到核酸的树形图：（图） 分析： 系统发育树与NCBI上的物种树有很大的差异，因为可能这些物种间含有很多同源序列，我们不能单凭几条相似序列的同源关系来判断物种的亲缘关系，而应该考虑到物种更多相似序列的同源关系。 2.Search the Pfam d