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基因扩增仪与PC机串口通信的设计与实现 　　摘要：主要利用OK6410开发板串口通信模块和Qtcreator环境下使用的第三方串行通信控件qextserialport，在基因扩增仪下的LINUX操作系统基础上，对串口应用程序进行了开发和设计。完成对基因扩增仪进行外部控制命令的操作，使得基因扩增仪可根据PC机不同的请求执行相应的程序，并通过PC机进行数据反馈。 　　关键词：LINUX；通信协议；PCR；串口通信 　　中图分类号：TP393 文献标识码：A 文章编号：1009-3044（2014）04-0715-04 　　基因扩增仪（PCR仪）是根据DNA半保留复制原理，通过控制温度变化来自动完成聚合酶链式反应的仪器[1]。PCR仪是生命科学研究领域中使用极为广泛的一种设备，主要应用于基因克隆和医学诊断、遗传工程等领域。目前，随着社会水平的不断提高，人们为保证自己以及家人的生活质量，对医疗卫生要求极为严格。因此为了满足人们的需求，各国都开始在医疗行业上大量投入资金以及人力，鼓励发展医疗行业，从而保证人们的健康与安全。而这种趋势也催动了生命科学仪器的发展，基因扩增仪作为生命科学重要仪器之一，其处理器也从开始的单片机发展为ARM型。但是仅能单机操作的基因扩增仪并不能满足当前需求，从而与其他仪器设备的通信也成为目前主要研究方向之一。 　　本文重在利用OK6410开发板串口通信模块和Qtcreator环境下使用的第三方串行通信控件qextserialport，自定义通信协议，研究与实现ARM型基因扩增仪与PC机的串行通信，以完成相应的功能要求，满足社会需求。 　　1 相关技术研究 　　1.1 串口通信 　　串口通信是指外设和计算机间，通过数据信号线、地线、控制线等，按位进行传输数据的一种通讯方式。这种通信方式使用的数据线少，在远距离通信中可以节约通信成本，但其传输速度比并行传输低[2]。 　　本文用的是RS-232串行通信，其接口标准： EIA公布的RS-232C是用得最多的一种串行口通讯标准。事实上的RS-232C串口标准配置为”D”型9针插头，其引脚定义如图1。 　　1.2 QT图形界面系统 　　Qt是一个跨平台的C++图形用户界面应用程序框架。它提供给应用程序开发者建立艺术级的图形用户界面所需的所用功能。Qt 是完全面向对象的，非常容易扩展，并允许真正地组件编程。本设计中上位机和下位机程序均利用QT开发，通过选择不同的编译器，即可生成X86版本和ARM版本的应用程序[3]。通过上位机的界面上的按钮可以实现对基因扩增仪各种参数的设置，也可读取PCR状态信息。使用QT开发程序具有以下优点： 　　1） 优良的跨平台特性；2） 面向对象；3） 丰富的 API 及类库；4） 运行速度快；5） 大量的开发文档及实用的开发工具。 　　2 基因扩增仪与PC机的通信硬件连接 　　本设计中基因扩增仪采用飞凌公司出品的开发板OK6410来实现。该开发板搭载了三星公司ARM11的处理器S3C6410。底板上提供了1个五线RS 232电平串口（UART0）和3个三线TTL电平串口（UART1～UART3）。在开发阶段，需要两根串口线与PC机连接，其中UART0默认为调试串口，它的作用是可以与电脑直接相连，进而监控系统调试信息，另外一个串口需要使用MAX232将TTL电平转化为RS-232电平才可以和电脑相连，该串口线用于数据和指令的发送[4]。 　　本文采用三线制接法，ARM板上的RXD、TXD、GND分别与PC机的TXD、RXD、GND相连。如图2。 　　3 基因扩增仪与PC机的通信软件的设计 　　通信程序中下位机使用Qtcreator编写。通信时各参数设置情况如下：波特率为9600bit/s，数据位8位，停止位1位和无奇偶校验位。 　　3.1 串行通信协议的制定 　　PC机与基因扩增仪的通信中需要实时的数据交互，因此必须保证通信的质量。而通信质量的保证很大程度上依赖于制定的通信协议的可靠性和高效性。本设计自定义了一种具备高效传输性的面向字节的通信协议，它使用的算法简单、变换效率高、可靠性强。在发送端中，其每一帧的格式如表1所示。 　　本设计中的通信是以帧为传送格式来创建同步过程的。每一帧都用 2 byte来表示它的开始标志和结束标志，称为Begin Mark 和 End Mark，分别由固定值01H和0DH来表示，命令部分由A（41H）～Z（5AH），a（61H）～z（7AH）构成，占用1byte，数据部分根据命令的不同会有较大差别，且长度不固定，用来完成发送开关量信息、参数设定、打印信息发送等功能。部分命令就已确保了数据部分的长度，而在某些命令下数据长度是可变的，这时候需要在数据部分加入数据长度信息。在帧