成功的在小的点阵模型应用了这个概念.doc

蛋白質摺疊與聚集 文/張家靖 關鍵字： 似一階態轉變模型 (First-order-like state transition model)、蛋白質摺疊(protein folding)、熵驅動力(entropically force)、直接摺疊路徑(Direct folding path, off-path)、過臨界點摺疊路徑(over-critical reaction path, on-path)、擴散限制性聚集反應(diffusion limited aggregation)。 蛋白質為由多種胺基酸，依不同比例聚合而形成特殊構型之鍊狀聚合物。蛋白質構型的變化與其功能之改變有著密切的影響。蛋白質是如何由一無特定構型鬆散之鍊狀物摺疊至緊緻且具特殊構型之過程，與其間分子內結構變化及分子間交互作用，則是我們所亟欲了解之課題。我們發現蛋白質整體摺疊反應與似一階態轉變模型有著極高的吻合性。此外我們亦發現蛋白質在直接摺疊路徑中會發生聚集沉澱之現象，藉由實驗與模擬研究發現，這類聚集沉澱過程與分子擴散限制性聚集反應有關。此一發現對研究蛋白質摺疊動力學有著重要的影響。 蛋白質：介觀(mesoscopic)系統蛋白質為一富含大量胺基酸，由數百個至數千個原子所組成的複雜生物巨分子。因此透過微觀的全原子解析方式將很難完整的分析將此系統瞭解。然而此一分子並非一巨觀系統，所以蛋白質可以視為一個介觀(mesoscopic)的系統[1]。然而蛋白質由未摺疊態到其自然態的構型轉變和統計力學中的一階相轉變模型有其相似之處，似可運用統計力學之法則來觀察與分析此一介觀(mesoscopic)的系統，但是其中仍有部份差異。在統計熱力學中所謂之相的轉變，係在描述系統中各原子(分子)間之交互作用狀態，此一狀態會因應環境狀態之改變而改變。同樣的蛋白質亦依遵循著類似作用法則，但其交互作用變化發生在分子之內，使其分子之結構(構型)由未摺疊態(unfolding state)轉變到一個被認為構形能量最低的摺疊狀態(自然態, native state)。因此我們叫這種分子構型改變為態的轉變(state transition) [2,3]。可是由於蛋白質的系統非常複雜，所以僅由單一的實驗研究方法，不易瞭解蛋白質整體之摺疊機制。所以我們應該由各種不同的研究方向，來瞭解蛋白質的摺疊過程，使蛋白質的摺疊機制可以完整呈現。 I. 蛋白質摺疊反應研究： 1. 蛋白質透過階段性溶液置換準靜過程(quasi-static process)逐步改變溶液環境而摺疊至自然態： 一般的摺疊研究，認為蛋白質的摺疊反應可能因蛋白質種類之不同而有所差異。因此蛋白質的摺疊反應是否能歸納出一個一體適用之反應機制，則是一極具挑戰性之工作。為此我們挑戰前人既有之觀念，藉由研究蛋白質(尤其是擁有雙硫鍵之蛋白質)摺疊過程中之構型與能量動態變化，嘗試歸納出蛋白質摺疊反應之普適機制[4]。幸運地，在實驗過程中我們發現大部分的蛋白質可以透過階段性溶液置換準靜過程(quasi-static process)，逐步改變溶液環境而摺疊至其自然態[3, 5~8]。其詳細的原理與機制詳述如下。 依據前人之研究指出，蛋白質的結構會受到下列環境因素之影響，包括化學溶液[9]、溫度[10]、pH值[11]、離子強度[12]、電介值[13]及壓力[14]等。亦即當我們改變蛋白質所處之溶液環境時(如前述之變因)，蛋白質將會因應新的溶液環境變化而改變其構型以達成新的平衡。在生理溶液環境下，未摺疊態的構型能量相對於其自然態而言是較高的，所以當蛋白質在該溶液環境達到能量平衡的時候，這時大部分的蛋白質應該都是在系統中之能量最低態，其他未摺疊及中間狀態的蛋白質構型可被觀察到之機率非常微小。就如我們先前所述的[3, 13~17]，當透過變性劑將外部條件改變時，其反應能量亦會跟著變化。我們可運用蛋白質兩態轉變模型(Two states transition model)及雙井位勢(dual wells potential)來描述蛋白質摺疊反應的反應圖。而系統的能量可以用下面的方程式表示： ???????S (eq. 1) 這裡HT、Hp、Hs 分別表示著蛋白質與溶液反應系統、蛋白質及溶液的能量。而?是表示著溶液環境的外在因素 (0≦?≦1)。當??等於1時表示著溶液變性劑，而隨著數值的降低則是表示著變性劑的濃度逐漸降低。而當我們改變系統的??值時，蛋白質的構型狀態亦會因此改變，達成新平衡。因此我們可以透過逐步的方式改變溶液環境來改變蛋白質摺疊的方向（圖一）。因此一個未摺疊態的蛋白質雖其構型能量較其自然態為高，但是在變性環境中反應達到熱力學平衡時，此一未摺疊態分子則處於穩定之相對低能量狀態。這亦解釋何以我們可以得到未摺疊態的蛋白質。 圖一